Рассказы о старинных людях. Вып. 2. Древние финикияне, ассирияне и персы. Спб., 1865.
Рассказы о старинных людях. Вып. 3. Древние греки. Спб., 1865.
Рассказы о старинных людях. Вып. 4. Древние римляне. Спб., 1865.
Самоучитель для начинающих обучаться грамоте. Спб., 1865.
Для истинных христиан, сочинение Игнатия. Женева, 1865.
Рассказы о великих людях средних и новых времен. Спб., 1866.
Второе издание: Спб., 1871.
Древняя Русь. Спб., 1867.
Жизнь природы и человека. Женева, 1867. (Переименованный «Самоучитель для начинающих обучаться грамоте».)
Материалы для истории цензуры при Александре II (извлечение из бумаг И. А. Худякова). «Общее дело». Женева, 1877, № 1.
Опыт автобиографии. Женева, 1882.
Верхоянский сборник. Якутские сказки, песни, загадки и пословицы, а также русские сказки и песни, записанные в Верхоян-оком округе И. А. Худяковым. «Записки Восточно-Сибирского отдела Русского географического общества по этнографии», т. I, вып. 3, Иркутск, 1890.
Отец Макарий в трезвом и пьяном виде. Женева, 1901 (Переименованные «Материалы для истории цензуры при Александре II».)
Из воспоминаний шестидесятника. «Исторический вестник», 1906, кн. X–XII.
Образцы народной литературы якутов. Ч. I. Тексты, образцы народной литературы якутов, изд. под ред. Э. К. Пекарского; т. II, вып. I, Спб., 1913; вып. II, Пг., 1918.
Записки каракозовца. М.—Л., 1930.
Великорусские сказки в записях И. А. Худякова. М.—Л., «Наука», 1964.
Литература о жизни и сочинениях
А — в (Адрианов А. В.), Славный сибиряк И. А. Худяков. Спб., 1911.
Базанов В., Новые люди или нигилисты? (К истории русского демократического народоведения.) «Русская литература», 1959, № 2.
Базанов В., И. А. Худяков и покушение Каракозова. «Русская литература», 1962, № 4.
Базанов В., Накануне «хождения в народ». «Великорусские сказки в записях И. А. Худякова». М,—Л., 1964, вводная статья.
Баренбаум И. Е., Из истории легальной пропаганды 60-х годов (Книгоиздательская деятельность П. А. Гайдебурова и пропагандистская брошюра И. А. Худякова). «Русская литература», 1967, № 3.
Баренбаум И. Е., Из истории русских прогрессивных издательств 60-х — 70-х годов XIX века. (Женская издательская артель М. В. Трубниковой и Н. В. Стасовой.) «Книга. Исследования и материалы». Сборник XI, изд. «Книга». М., 1965.
Белозерский (А. В. Адрианов), Иван Александрович Худяков. (Из воспоминаний шестидесятника. Автобиография. «Исторический вестник» — октябрь, ноябрь и декабрь.) «Сибирская мысль», 1907, № 130 (от 4 апреля), № 131 (от 5 апреля), № 133 (от 7 апреля); «Сибирская жизнь» № 3 (от 12 апреля).