Вернувшись в Оренбург, о. Серафим (Томин) пролежал девять месяцев в областной больнице, его лечили рентгенотерапией.
Патриарх Пимен (Извеков) благословил о. Серафима (Томина) восстанавливать Свято-Данилов монастырь в Москве в качестве благочинного и духовника. О. Серафим не сдавал греческий паспорт, надеясь ещё когда-нибудь попасть на Афон, из-за этого его не прописывали в Москве.
Патриарх Пимен его уговаривал:
— Что вы делаете? Зачем оставляете паспорт?
— Ваше Святейшество, благословите, я поеду на Афон, — обращался к нему о. Серафим.
— Нет, не поедете, я не благословляю, будете с о. Евлогием (Смирновым) восстанавливать Данилов монастырь.
Данилов монастырь представлял в то время печальное зрелище, здесь находилась детская колония, большинство зданий было в аварийном состоянии.
Три с половиной года о. Серафим (Томин) участвовал в его восстановлении — в 1982–1985 годах, братии было всего человек десять.
По благословению Патриарха Пимена схиархимандрит Серафим участвовал ещё два года в качестве благочинного, духовника в восстановлении Киево-Печерской лавры. В Киеве после чернобыльской катастрофы о. Серафим получил облучение ещё большее, чем при рентгенотерапии. Лечился в Москве, Оренбурге.
В 1990 х годах о. Серафим активно участвовал в восстановлении полутора десятков храмов и приходской жизни в городах — Оренбурге, Орске, Кувандыке; в поселках — Саракташе, Пономаревке, Матвеевке, Кармалке.
За многолетнее подвижническое служение Церкви «во внимание к усердному несению Вами возложенного на Вас послушания» в 2000 году о. Серафим был награжден Его Святейшеством Патриархом Московским и всея Руси Алексием II (Ридигером) Патриаршим Крестом — высшей наградой Русской Православной Церкви.
Последнее послушание старца — Оренбургский Афон.
В 1996 году Оренбургскую епархию посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Патриарх освящал храм в селе Чёрный Отрог. Вместе с митрополитом Леонтием (Бондарем) Патриарху сослужил и о. Серафим. Святейший был знаком с батюшкой много лет и, узнав, что в Оренбургской епархии нет монастырей, но есть небольшая иноческая община, благословил основать монастырь.
Братия тогда жила в доме о. Серафима на Сызранской улице в Оренбурге. В одной из комнат была домовая церковь во имя великомученика и целителя Пантелеимона — покровителя русского монастыря на Афоне. В годы гонений дом о. Серафима служил прибежищем для многих молодых людей, желающих жития монашеского. Многих батюшка постригал по благословению правящего архиерея.
После встречи со Святейшим схиархимандрит Серафим начал подыскивать удобное место для будущего монастыря. По его мысли, это должен был быть какой-нибудь храм в сельской местности, вдали от городов. Таковой вскоре и нашелся в Саракташском районе, в селе Андреевка. Это место как будто было предназначено Богом для основания монастыря.