Наибольшие же споры вызвали крупные калибры, промежуточные между шестью и двенадцатью дюймами. Первым следствием экономии стал отказ от разработки сразу двух типов орудий — восьми — и десятидюймовок. В качестве единой замены обоим типам рассматривался британский девяностодвухлинейный (234мм) или русский девятидюймовый (229мм) калибр. Некоторые артиллерийские офицеры предлагали оставить на вооружении восьмидюймовые орудия, хорошо показавшие себя во время боя крейсера «Нахимов» японскими крейсерами. При этом они отмечали избыточную мощность девятидюймовки для запланированных к строительству броненосных крейсеров и недостаточную — для броненосцев береговой обороны и крейсеров-броненосцев. Однако одним из решающих факторов стал пример Великобритании, оставившей на вооружении всего два крупных калибра. Преклонение русского морского офицерства перед авторитетом просвещенных мореплавателей заставило оппонентов смириться с уменьшением количества калибров. Немалую роль сыграли при этом и производственные соображения. Оснастка для девятидюймового калибра уже имелась, а ствол этого орудия длиной в сорок пять калибров отлично вписывался в возможности станочного парка, применявшегося для выработки тридцатипятикалиберных двенадцатидюймовок, производство которых как раз сворачивалось из-за замены их на сорокакалиберные орудия.
Не меньшие споры разгорелись и вокруг программы строительства кораблей. Разгром Японии, казалось бы, снимал угрозу русским владениям на Тихом океане. Но он же привлек туда внимание европейцев и северо-американцев, начавших усиливать свои эскадры в том районе. Поэтому вместо небольшой Сибирской эскадры явно требовалось развернуть настоящий большой флот. Однако бюджет, выделяемый на строительство кораблей, император повышать не спешил, отчего и возникли споры между желающими построить корабли согласно своих взглядов.
Часть адмиралов, во главе с адмиралами Ломеном и Казнаковым, требовала постройки полноценных мореходных броненосцев и крейсеров для Тихоокеанского флота. Ее поддержал великий князь Александр Михайлович, указавший, что именно тихоокеанское направление становится для России в ближайшие годы самым опасным. Так как намечающийся раздел Китая и Японии привел к усилению интереса европейских держав к этому району. Он же осудил планы дальнейшего увеличения Черноморского флота, отмечая, что имеющиеся пять броненосцев, два крейсера, канонерские лодки и минные суда превосходят любой флот, который способна сосредоточить в этих водах Османская империя и в любом случае будут недостаточны для прямого столкновения с английскими или французскими экспедиционными силами. Так что он полагал вполне достаточным достройку заложенных по дополнительной программе 1890 года одного броненосца, минного крейсера и миноносцев. Второй броненосец, закладка которого была отложена, вообще не строить. Балтийский же флот, ввиду улучшения отношений с Германией, следует усилить лишь броненосцами береговой обороны и минными судами, способными защитить побережье от любых сил противников, что доказывает опыт Крымской войны. Все равно, выход из Балтийского моря не являлся стратегически обеспеченным. Германия, расположенная к Датским проливам ближе, чем Россия всегда могла запереть выход из моря для российских судов в случае войны или политических осложнений. А за выходом из Балтики находится британская метрополия, чей флот может перекрыть проливы. Английская же политика направлена против любой державы, способной бросить вызов ее морской гегемонии. Таким образом, отмечал Александр Михайлович, балтийский театр война на практике является столь же изолированным, как и черноморский. Поэтому необходимо, доказывал он, создание истинно морских Тихоокеанского флота и Северной флотилии на Белом море.