Суворов принял командование союзной армией 15 апреля 1799 г. в Валеджио и тотчас распорядился о начале наступления. Австрийцы и русские под его командованием, форсированными маршами, ринулись вперед. И 26–27 апреля в серии боев на реке Адда нанесли сокрушительное поражение войскам Шерера. 29 апреля Суворов вступил в Милан, а уже 25 мая его войска были в столице Пьемонта – Турине.
Французская армия под командованием генерала Макдональда, находящаяся на юге Италии, вынуждена была оставить все свои завоевания и спешно двигаться на помощь войскам на севере. Однако Суворов стремительно бросился на части Макдональда и в упорнейшей трехдневной битве на реке Треббии 17–19 июня нанес поражение французам, несмотря на все их мужество и на умелое командование молодых талантливых генералов. Генерал Моро, который после поражения Шерера принял командование французскими войсками в Северной Италии, не успел подойти на помощь своему товарищу по оружию. В конечном итоге остатки французских войск вынуждены были отступать в Геную.
На юге, с уходом армии Макдональда, союзники получили возможность без труда установить контроль над южной частью Апеннинского полуострова. Уже незадолго перед уходом основных сил французов южнее Неаполя стали действовать банды религиозных фанатиков, которые убивали всех тех, кто поддерживал республиканцев. Нужно сказать, что, несмотря на благие намерения, методы действия этих повстанцев навряд ли могут вызвать большой восторг. Даже консервативный русский историк Милютин, автор замечательного труда по истории войны 1799 г., при всем своем сочувствии к делу контрреволюции вынужден был написать: «В числе предводителей инсургентов были и такие люди, которые именем своим позорили знамя королевское, люди, достойные быть только атаманами разбойничьих шаек. В Абруццах ратовал некто Пронио, расстриженный аббат, осужденный на галеры за смертоубийство; Гаэтано Маммоне, приводивший в трепет самые окрестности Неаполя, прославился перед всеми прочими неслыханным зверством; современники утверждают, что он находил забаву в мучениях своих жертв и с наслаждением пил из черепа кровь человеческую. Сподвижником его был знаменитый разбойник Микеле Пецца (Michele Pezza), прозванный Фра Диаволо»[57].
С уходом войск Макдональда отдельные отряды контрреволюционеров соединились в целую армию, которую возглавил кардинал Фабрицио Руффо. Это войско в скором времени достигло численности почти 30 тыс. человек и двинулось на Неаполь. Вместе с отрядами Руффо в Неаполь шли и 600 русских моряков под командованием капитана Белле, высадившихся на сушу с кораблей эскадры Ушакова. Если русские моряки в военном отношении придавали сплоченность нестройным толпам Руффо, то контролировать действия своих союзников они никак не могли. 13 июня 1799 г., после того как отряд Белле овладел мостом у входа в Неаполь, в город ворвались обезумевшие от ярости полчища кардинала. С 13 по 15 июня в городе продолжались бои и дикая бойня республиканцев.