Вернувшись в Петроград, Сварог выехал вскоре на крупнейшие новостройки страны: Магнитку, Кузнецкстрой, Челябинский тракторный завод. По материалам поездок в прессе печатались целые серии его акварелей, зарисовок, портреты ударников.
В 1940 году Политуправление МВО объединило профессиональных военных художников в студию имени М. Б. Грекова на базе Изомастерских самодеятельного красноармейского искусства, созданных в 1934-35 гг. Студия ставила задачи культурного и политического воспитания воинов, отображения героического боевого пути и современной жизни Армии. Руководителем избрали В. С. Сварога, проявившего незаурядный талант в освещении военной тематики: “Смольный в Октябре”, “Взятие Зимнего”, “Ворошилов на маневрах”, “Совет командиров”, “Шлюпочный поход жен командиров”, портреты Громова, Юмашева, Данилина — участников беспосадочного перелета в США и др.
Началась Великая Отечественная война. 58-летний руководитель студии военных художников из-за преклонных лет оставался в Москве, а более сорока ее сотрудников выехали на многочисленные фронты для сбора материала и создания художественной летописи героической битвы. Они не были просто свидетелями боев, многие из них сами принимали участия в боевых действиях. И Сварог в составе группы самообороны регулярно дежурил на крыше Дома художников во время вражеских налетов на столицу. В связи с ухудшающейся обстановкой Комитет по делам искусств в конце августа предложил студии эвакуироваться в Нальчик.
По приезду, измотанный дальней дорогой, Василий Семенович не позволил себе и дня отдыха. Вместе с известными артистами В. И. Качаловым, О. А. Книппер-Чеховой, М. М. Климовым и другими он выступал в концертах в местном драмтеатре, на заводах, в госпиталях, воодушевляя людей, укрепляя их веру в победу, в разгром проклятой фашистской орды. И лишь урывками занимался живописью. Однако вскоре пришлось эвакуироваться в Тбилиси. Здесь в мае 1942 г. вместе с И. Э. Грабарем он выставил последние работы в Картинной галерее.
На исходе лета по директиве из Москвы художники переехали в Самарканд и ждали вызова. Он пришел в начале октября. При отъезде случилось непредвиденное. На вокзале, переходя с чемоданами стальные пути, Сварог споткнулся и упал, ударившись левым виском о рельс. В тяжелом состоянии его доставили в Москву. Врачи продлили жизнь на четыре года, жизнь, но не творчество, к которому рвалась душа художника, певца, музыканта... Студию Грекова возглавил Н. Н. Жуков, военный художник Калининского фронта.
Силы убывали. Жена художника Лариса Семеновна, И. Э. Грабарь и бывший ученик скульптор Томский готовили выставку произведений к его 60-летию. Сварог был награжден орденом Трудового Красного Знамени. Мечтал побывать в родном городе после Победы. Он дожил до нее, но приехать в Старую Руссу не смог... 31 декабря 1946 г. щедрое сердце художника перестало биться.