Русское население в Приамурье быстро возрастало.
Было создано Албазинское воеводство. По течению Амура и впадающим в него рекам строились остроги Кумарский, Зейский, Ачанский, Косогорский и другие. Возле острогов и на других удобных местах выросли деревни, был построен монастырь близ урочища Брусяной Камень.
К сожалению, Хабаров был отозван с Амура, и после его отъезда долгое время среди казачьей вольницы господствовала анархия, что очень повредило развитию края.
Проникновение русских на Амур стало беспокоить китайских купцов, торговавших с приамурскими народами и закабалявших их экономически. Но воспрепятствовать русским они не могли, так как официально Амур не принадлежал Китаю и считался пограничной рекой. Освоение этих земель русскими продолжалось несколько десятков лет.
В конце восьмидесятых годов XVII века китайцы воспользовались затруднительным внутренним положением России (здесь шла борьба за власть между юным Петром и Софьей) и наводнили войсками Приамурье. Началась ожесточенная борьба между кучкой русских поселенцев и полчищами регулярных войск богдыхана, вооруженных артиллерией и руководимых европейскими специалистами военного дела из "христолюбивого ордена иезуитов", заинтересованных в устранении из китайских областей опасной, по их мнению, конкурентки - православной церкви.
Двукратная осада Албазина и героическая его оборона, длившаяся много месяцев, не могли решить дела. Русское правительство не желало вступать в войну за 10 тысяч верст от столицы. Население на Амуре должно было полностью полагаться на свои силы.
Борьба длилась несколько лет и закончилась Нерчинским трактатом в 1689 году.
Русская делегация вела переговоры при неблагоприятно сложившейся обстановке.
Пятьсот казаков, составляющих конвой Головина, ведшего переговоры с русской стороны, оказались как бы в плену у китайских послов, приведших с собой 10 тысяч солдат. Китайцы могли бы просто диктовать свои условия, а требования у них были огромные. Они претендовали на такие русские земли, где отродясь не ступала нога ни одного китайца.
Головин проявил большое мужество и дипломатическое искусство. Он добился сравнительно сносных условий договора.
Самым неприятным было то, что он вынужден был согласиться на отвод русских поселенцев с обжитых уже ими в течение полувека мест на Амуре.
Но один пункт трактата имел особенно важное значение для будущего Приамурья. По этому пункту земли в низовьях Амура оставлялись неразграниченными, и Россия приобретала юридическое право заново поднять вопрос о границе, когда того потребуют обстоятельства.