Обеспечение действий главной группировки возлагалось на 2-ю воздушную армию под командованием генерала С. А. Красовского. Согласно его решению и указаниям командующего фронтом на главное направление было выделено 1900 самолетов и на вспомогательное – 355 самолетов. Основной задачей авиации было: не дать противнику возможности маневрировать резервами в глубине и не допустить его отхода на запад.
Планирование Пражской операции проходило для штаба фронта в сложнейших условиях. По размаху эта операция была огромной, в ней участвовали все армии фронта, и для каждой из этих армий надо было определить исходные позиции, задачи по дням, рубежам, целям, надо было обеспечить войска всем необходимым. На подготовку такой операции в 1943 году и даже в 1944 году отводился месяц, а то и полтора, а тут всю эту работу надо было проделать за несколько дней.
Штаб фронта в этих трудных условиях нашел выход в параллельном осуществлении планирования и действий войск: разрабатывались планы, писались указания и в это же время войска перемещались на нужные направления. К тому времени, когда они туда прибывали, уже были готовы все необходимые документы для дальнейших действий. Все эти дни штаб во главе с генералом Петровым не только не спал, но не имел ни минуты для отдыха, все работали с предельным напряжением.
4 мая по указанию командующего фронтом генерал Петров собрал на совещание всех командующих армиями. Отдавая последние указания, маршал Конев сказал, что главным в этой операции будет стремительность, Рудные горы и Судеты нужно чуть ли не в буквальном смысле слова перелететь. Ни в коем случае не задерживаться в боях за опорные пункты, за населенные пункты, обходить их, особенно танковым соединениям. После них будет все зачищать пехота.
Дальше Конев обратил внимание на то, что противник хоть и силен, но падение Берлина, разгром почти всей гитлеровской армии оказали, конечно, свое действие на его моральное состояние – он уже совсем не тот, что раньше. Учитывая это обстоятельство, командующий требовал действий решительных, даже дерзких, с применением всего накопленного опыта.
Командующий приказал командирам всех степеней, а особенно штабам дивизий и полков, осуществлять руководство, находясь как можно ближе к боевым порядкам, чтобы немедленно реагировать на все изменения в обстановке и добиваться стремительных темпов продвижения.
Не впервые в этой большой войне очень наглядно проявился гуманизм Советской Армии даже по отношению к врагам. Маршал сказал своим командирам – стараться не допускать излишнего кровопролития. Как только будут создаваться какие-то небольшие окружения или появится возможность предъявить ультиматум какой-либо группировке гитлеровцев – не добивать их, а вынуждать к капитуляции, проявлять в этом отношении инициативу, посылать парламентеров.