Так возникло и стало фигурировать в этой распре словечко «вольнодумство», которое, как снежный ком, стало обрастать страхом и превратилось наконец вдело о вольнодумстве, ставшее вехой в истории гимназии. Гоголь был замешан в это «дело» как его прямой участник. Тетрадка Гоголя-Яновского с записями лекций по естественному праву поминалась при допросах, учиненных гимназистам в октябре 1827 года. С этой тетрадки тексты лекций переписывались в другие тетради, по ним готовились к экзамену, они были основой и для суждения о мере преступления Белоусова.
Дело было даже не в том, что Белоусов читал лекции по своим записям, а не по учебнику. Дело было в том духе, который содержали в себе эти лекции, в самой трактовке естественного права, которую давал Белоусов.
Разбор лекций Белоусова был поручен протоиерею Волынскому, который должен был дать заключение об их содержании. «Батюшечка» долго потел над мудреными текстами и наконец выдал заключение, в котором Белоусов обвинялся в отступлениях от закона божия и в потворстве материализму.
Осенью 1827 года состоялись вызов в конференцию гимназистов и снятие с них показаний о характере лекций, читавшихся профессором Белоусовым. Большинство показаний было в пользу профессора. Гоголь показал, что профессор Белоусов на уроках «давал объяснения по книге», то есть по учебнику.
Но чем меньше поддержки среди гимназистов было у профессоров-школяров, тем отчаянней те шли на приступ. Столкновение самолюбий перерастало в склоку общегородского масштаба, в борьбу, где все средства были хороши и где привкус обычного российского преувеличения уже начинал ощущаться. Уже поползли слухи о существовании какого-то общества или братства Шапалинского. Рассказывали, что когда в гости к Шапалинскому приехал отсидевший по делу о масонстве в Петропавловской крепости В. Л. Лукашевич, то он спросил его и Ландражина: «Ну как идут наши дела?» Это приписали возможности заговора. Уже и до Чернигова донеслись вести о каких-то темных делах в гимназии, связанных с именами Шапалинского и Белоусова, и ждали только фельдъегеря, который прибудет в Нежин и отвезет директора и его учеников в кибитке в Сибирь. К именам Шапалинского и Белоусова добавлялись имена других вольнодумцев — Зингера и Ландражина, первый из которых жил за границей и читал в подлиннике Канта, а второй воевал в армии Наполеона против русских и вообще мог оказаться французским агентом.
Гоголь все это слышал и видел. Личная неприязнь к нему Билевича добавила к этому лишние переживания. 26 сентября 1827 года Билевич подал в конференцию рапорт, который ставил в известность о дерзостнейшем поведении пансионера Яновского, захлопнувшего дверь залы, где проводились театральные репетиции, перед носом у него, Билевича, и профессора греческого языка X. Иеропеса. Когда дверь наконец открыли и Билевич обратился к Яновскому с вопросом, почему их не хотели впустить, тот «вместо должного вины своей сознания начал с необыкновенной дерзостью отвечать... и сим возродил во мне сомнение, не разгорячен ли он каким-либо крепким напитком».