Наскоро проводимые центральным правительством преобразования, естественно, не могли не породить насилия и людских страданий. Крестьянские волнения, вызванные изменением общественного уклада и вводимыми налогами, постоянно ширились. Но больше всего правительство Мэйдзи беспокоило растущее недовольство среди бывших самураев, чье явно враждебное отношение к властям было вызвано их плачевным финансовым положением и подорванным социальным статусом. Все это и побудило Сайго Такамори искать повод для развязывания войны с Кореей, чтобы занять оказавшихся не у дел самураев. Чтобы как-то исправить положение после отказа от предложения Сайго, правительство Мэйдзи согласилось на небольшую военную кампанию против бутанских племен на Тайване в 1874 году, выставляя военные действия как карательную экспедицию в отместку за убийства этими племенами японских и окинавских граждан. Но эта псевдовоенная операция не удовлетворила экс-самураев.
Дальнейший решительный шаг со стороны правительства Мэйдзи должен был предотвратить возможную гражданскую войну. Декрет, запрещающий ношение двух мечей и ограничивающий право на ношение оружия составом регулярных вооруженных сил, вступил в действие в 1876 году, и его предваряли слова: «Следует верно понимать задачу данного постановления. Оно ни в коем случае не служит умалению воинского духа, скорее оно служит тому, чтобы меч из рук широкого числа недостаточно дисциплинированных граждан перешел к небольшому числу жестко связанных дисциплиной людей». Бывшие самураи из провинции были глубоко возмущены тем, что само постановление, хоть и принятое от имени императора, вне всякого сомнения, исходило от членов правительства, которые не только по социальному положению были ниже их, но для которых сама средневековая рыцарская традиция почти ничего не значила. Поэтому, лишившись помимо собственной воли высшего знака своей самурайской чести, совместно носимых длинного и короткого мечей, воплощения их духа, провинциальные экс-самураи уже не надеялись, что правительство восстановит институты средневекового рыцарства. Вслед за запретом носить мечи была прекращена выплата наследственных жалований и пособий для бывших даймё и самураев.
Подобные реформаторские меры вызвали гнев у экс-самураев. Ряд мятежей, поднятых обиженными самураями, похоронил надежды правительства на сохранение гражданского мира, однако все эти мятежи были быстро подавлены правительственными войсками, созданными на основе закона о всеобщей воинской повинности. Кровопролитие достигло своего пика в 1877 году в сацумском мятеже, поднятом Сайго Такамори. В последний раз японские военные, отстаивающие старый порядок – средневековые рыцарские традиции – оказали вооруженное сопротивление правительству. Победа армии Мэйдзи над непреклонными консерваторами Сайго убедила даже самых несговорчивых провинциальных экс-самураев, что мобилизационная крестьянская армия, оснащенная современным стрелковым оружием и имеющая иные технические новшества, в состоянии диктовать свою волю любому воинскому соединению, вооруженному по образцу средневековых рыцарей.