Немцы были разъярены, но не настолько, чтобы потерять голову. Задача подавить сопротивление евреев была возложена на генерала Юргена Струпа, который двинулся на гетто во главе специального отряда, имеющего и артиллерию.
Евреи готовились встретить противника. Они превратили подвалы в бункеры, заминировали улицы и проложили сеть коммуникаций по трубам подземной канализации. Они надеялись продержаться хотя бы неделю. Так же оценивал их шансы нацистский министр пропаганды Йозеф Геббельс. В своем дневнике он записал: «Евреи сумели укрепиться в гетто. Идут тяжелые бои, и еврейское командование даже издает собственное коммюнике. Разумеется, вся эта забава продлится недолго...» И евреи, и Геббельс ошибались. Евреи продержались шесть недель.
После тщательной подготовки генерал Струп на чал контрнаступление. Стоял март. Немецкие артиллерийские батареи обрушили на гетто огневой вал. Снаряды сметали дом за домом, квартал за кварталом, загоняя евреев в подвалы и подземные каналы. Затем в атаку пошли штурмовики, поддержанные артиллерией и танками. Евреи, вооруженные старыми ружьями, несколькими пулеметами и бутылками с зажигательной смесью, сначала остановили немцев, затем вынудили их отступить. Еврейские юноши ложились с бутылками под танки, а еврейские снайперы в упор расстреливали пытавшихся спастись танкистов.
Немцы возобновили артиллерийский обстрел. Гетто превратилось в пылающий ад. Напрасно евреи тыкали о помощи к польской подпольной армии. Поляки надеялись, что немцы решат за них «еврейский вопрос» в Польше. Они не предвидели, какой сюрприз готовит им самим история. Когда в июле 1944 г. польское подполье вело неравную битву с немцами в той же Варшаве, оно обратилось за помощью к русским. Подобно тому, как поляки отказались помочь евреям, русские отказались помочь полякам. Отлично вооруженная 150-тысячная польская подпольная армия была уничтожена. Немцы решили за русских их «польский вопрос».
Мир почти не обратил внимания на восстание в Варшавском гетто. Он был занят сообщениями с двух фронтов мировой войны. Но Адольф Эйхман отметил в своем дневнике, что весть о восстании вызвала у многих немцев страх. Даже Геббельс вынужден был признать: «Это показывает, чего можно ожидать от евреев, когда они располагают оружием».
Немцы распорядились, чтобы отныне евреев не собирали в большие группы. Но их истребление должно было продолжаться до самого конца, ускоренными темпами. Оно продолжалось даже тогда, когда немецкие армии уже отступали из России и Франции. Лишь когда союзные войска вступили в Германию, начались лихорадочные попытки скрыть следы преступлений. Но наступление союзников было столь стремительным, что миру, не верившему слухам, пришлось поверить собственным глазам.