Ко времени, когда Василий взошел на трон, ключевую позицию главы боярской думы занимал его зять, князь Василий Холмский. Следует вспомнить, что князь Холмский был назначен на это место в 1499 г. Иваном III взамен князя Ивана Патрикеева, защитника прав заключенного под стражу несчастного внука Ивана III Дмитрия. В 1508 г. князь Холмский был внезапно схвачен и отправлен в Белоозеро, где умер в тюрьме в 1524 г. У Василия III, вероятно, были особые причины убрать Холмского. Скорее всего, это были соображения династического характера: возможно, князь Холмский пытался вступиться за Дмитрия. Даже если он только посоветовал освободить царевича из заключения, Василий, должно быть, усомнился в искренности его намерений. Спустя год Дмитрий умер в тюрьме.
Преемником Холмского в должности был князь Дании Щеня, один из наиболее выдающихся русских военачальников того периода, одержавший победу при Ведроше в 1500 г. Как и Патрикеевы, Щеня был потомком Гедимина. Он был двоюродным братом Вассиана Патрикеева и, по всей видимости, именно по просьбе Вассиан был возвращен в Москву. Щеня умер в 1516 г., нет точных свидетельств о том, кто получил затем его должность. Около 1520 г. главой думы был назначен князь Дмитрий Федорович Вольский, который занимал этот государственный пост он тридцати лет до самой своей смерти. Вольский принадлежа видной западнорусской княжеской фамилии. Его отец приехал из Литвы в Москву в 1482 г. и впоследствии женился на рязанской княжне, племяннице Ивана III. Таким образом, Дмитрий Вольский был вторым двоюродным братом Василия III. Среди других видных титулованных боярских фамилий этого периода были князья Пенковы из ярославской княжеской ветви, князья Шуйские из суздальской ветви и князья Оболенские из черниговской ветви. Из нетитулованных боярских фамилий здесь следует отметить Кошкиных, Челядниных, Воронцовых, Сабуровых и Головиных. Наиболее колоритной фигурой среди бояр был князь Михаил Львович Глинский.270 Князья Глинские были западнорусским родом монгольского происхождения, и у них были уделы в Северской земле, в то время находившейся под властью великого князя литовского. Михаил Глинский получил блестящее образование и в молодое провел двенадцать лет за границей, в Германии, Италии (где он был обращен в католицизм) и Испании. В течение некоторого времени он служил в армии герцога Альбрехта Саксонского. После возвращения в Литву он стал влиятельным лицом в литовской политике. Он также проявил себя как удачливый полководец в войнах против крымских татар. Будучи человеком больших с способностей и обладая еще большими амбициями, Глинский имел много сторонников среди русских в Литве, но приобрел и нем врагов среди литовских вельмож. Польский летописец Стрыйковский рассказывает, что последователи Глинского мечтали о восстановлении Киевского государства и провозглашении Глинского великим князем киевским и всей Литвы.