Король Александр высоко его ценил, но после смерти Александра в 1506г. отношения между Глинским и короной стали натянутыми. Глинский был обвинен в заговоре против брата и наследника Александра – короля Сигизмунда I. В 1508 г. Глинский действительно восстал против короля и перешел под протекцию Василия III. Восстание потерпело неудачу, несмотря на поддержку Москвы, и в 1510 г. Глинский сбежал со всем своим семейством в Московию. Благодаря его знанию западных языков и западного образа жизни, а также его близкому знакомству с литовскими и польскими делами, он оказался бесценным помощником для Василия III. Глинский сознавал это и рассчитывал на хорошую награду за свои заслуги. Когда разразилась новая война между Литвой и Московским государством, и московитами был захвачен Смоленск, Глинский потребовал для себя пост наместника (viceroy) завоеванной области (1514 г.). Но назначение получил другой человек, и Глинский решил перейти на сторону Сигизмунда. Один из приближенных Глинского сообщил первому попавшемуся русскому командиру о намерениях своего господина, и князя схватили. В Москве Глинский под угрозой казни объявил о своем желании возвратиться в лоно греко-православной церкви. Смертный приговор заменили тюремным заключением. Лишь после того, как Василий III женился на племяннице Глинского Елене, князь был освобожден из под стражи (1526 г.). В последние годы царствования Василия Глинский стал одним из наиболее влиятельных людей при великокняжеском дворе.
Хотя Василию III поддержка со стороны бояр была политически необходима, он, как правило, выбирал советников, которым мог бы доверять, не из их числа, а из дьяков, хотя обычай и не позволял назначать кого-либо из последних на высшие должности в царстве. Василий использовал дьяков как на дипломатической службе, так и во внутреннем управлении. Видным среди них был Василий Третьяк Долматов, который начал свою карьеру при Иване III. Василий дал Долматову неприятное поручение – отменить свободы города Пскова в 1510 г. Долматов блестяще справился с этой задачей, умело предотвратив всякую попытку восстания в Пскове. Дальнейшая судьба Долматова – свидетельство тому, сколь непрочно было положение дьяков, занимавших государственные посты и как они были беззащитны перед волей великого князя. Согласно Герберштейну, через несколько лет после псковских событий, в которых так ярко проявил себя Долматов, Василий решил направить его в качестве посланника к императору Максимилиану. Долматов отказался от этой службы, аргументируя это тем, что у него недостаточно денег для такого путешествия. После этого Долматов по приказу Василия был сослан в Белоозеро и заключен там в тюрьму.