В это время развились три отличных друг от друга типа правительства и администрации. Московская тенденция заключалась в усилении власти великого князя. Это затронуло прежде всего сам московский княжеский род. Большинство владений менее значимых князей было конфисковано Василием II, и эти князья признали великого князя как своего суверена. Некоторые из князей иных ветвей дома Рюрика, равно как и многие литовско-русские князья дома Гедимина стали служить великому князю московскому и в конце концов смешались с московскими боярами. Великому князю помогала как в законотворчестве, так и в администрации боярская дума (государственный совет), но дума не имела сама четко определенных властных полномочий. Во многих случаях великий князь использовал дьяков (государственных секретарей) как своих людей вместо бояр. Они назначались великим князем из числа простолюдинов и были полностью зависимы от него.
В качестве бывшего вассала монгольского хана и его фактического наследника в высшей власти над Москвой великие, князья приняли на себя функции ханской власти в сфере налогообложения и военной администрации. Как Дмитрий Донской, так и его сын Василий I использовали систему воинской повинности соответственно в 1380 и 1396 гг. При Василии II не было какой-либо всеобщей воинской повинности; он зависел от малого, но хорошо обученного количества стражников – двора, сравнимого с монгольской «ордой». Однако великий князь московский никогда не оставлял своего права всеобщего набора войска, и эта система была возрождена при наследниках Василия II, в особенности при его правнуке Иване IV.
Для администрирования и осуществления судебной власти на местах великий князь полагался на своих наместников и волостелей. Они не получали жалования из казны великого князя, а должны были «кормить себя» на данной территории (система кормления) – т.е. они получали содержание от местного населения и оставляли себе долю гонораров от судопроизводства и часть налогов, полученных с данного района.
Старорусский институт вече (городское собрание) был расшатан монгольскими ханами с помощью русских князей и прекратил существование за исключением случаев нападения врагов или иных экстремальных ситуаций.
В отличие от роста авторитарного и централизованного режима в Московии, правительство Великого княжества Литовского опиралось на принципы федерации и конституционных прав. После первого договора об объединении между Польшей и Литвой (1385 г.) конституция Литвы была пересмотрена сообразно с польским образцом. Великий князь назначался советом знати, известным как панская рада, соответствовавшим боярской думе Московии, но обладавшим большей властью. В Польше параллельно с этим аристократическим органом возникла ассамблея представителей провинциального мелкопоместного дворянства, посольская изба (палата представителей). Вместе оба органа составили сейм (парламент). Парламент контролировал польский бюджет, включая расходы на армию. Без санкции парламента король не мог принимать важные решения в сфере государственных дел. Схожие институты постепенно возникли также в Великом княжестве Литовском.