Московская армия была укреплена татарской кавалерией, приведенной вассалом Ивана III царевичем Даньяром, и в июне несколько частей московских и татарских войск с трех сторон вторглись на новгородскую землю. Сам Иван выступил из Москвы 20 июня в сопровождении царевича Даньяра. Они достигли Торжка 29 июня. Там к ним в июле присоединились тверские войска, а псковская армия начала кампанию 10 июля.
Война фактически была комбинацией отдельных кампаний. Было несколько столкновений и битв. Позднее летописцы попытались рассказать о войне, исходя из отдельных описаний, и картина выглядит довольно противоречивой. В любом случае точно, что решающая битва состоялась на берегах реки Шелонь, на юго-западе от Новгорода. Описание этой битвы в Никоновской летописи73 существенно отличается от описания в новгородских источниках.74 Согласно Никоновской летописи, бояре собрали в Новгороде 40000 ремесленников и торговцев, посадили их на коней и направили против московского передового отряда в 5000 человек, бывшего под командованием князя Михаила Холмского (тверская княжеская ветвь). Малые, но хорошо обученные московские кавалерийские силы легко разбили неподготовленный новгородский конный отряд. Двенадцать тысяч новгородцев, по сообщениям, были убиты, а две тысячи захвачены в плен.
Согласно четвертой новгородской летописи новгородцы в этой битве совсем не имели кавалерии, вследствие отказа вновь избранного архиепископа послать свое «знамя» против московитов. Тем не менее, новгородцам удалось оттеснить московские войска назад через реку Шелонь, но в этом месте им подготовили засаду татары Даньяра, и их постигло тяжелое поражение. Многие были убиты, некоторым удалось бежать, другие же были схвачены. Точных цифр не приводится.
Как видно, существуют два главных расхождения между московскими и новгородскими повествованиями: (1) Никоновская летопись, в противовес четвертой новгородской летописи, не упоминает об участии татар в Шелоньской битве; (2) четвертая новгородская летопись вопреки Никоновской летописи утверждает, ч новгородцы не имели в этой битве кавалерии.
Новгородское описание хода битвы более достоверно, нежели московское. Последнее кажется воспроизведением описания сражения при Рузе в 1456 г. Что же касается результата, то источники обеих сторон сходятся в том, что Новгород цы проиграли и их потери были очень велики, а также и относительно того, что среди новгородских пленных был один из сыновей Марфы Борецкой, Дмитрий Исаакович Борецкий и несколько других новгородских бояр.
Иван III рассчитывал, что новгородцы запросят мира. Н< новгородская боярская партия настаивала на продолжения борьбы. Новгородец Упадыш, который оказался агентом Москвы, был казнен. Начались беспорядки и, как отмечает хронист, «и хлебъ дорогъ, и не бысть ржи на торгу в то время ни хлеба, толко пшеничный хлебъ, и того по оскуду (т.е. в недостатке)».