В несчастьях люди начали обвинять бояр. Teм временем были получены известия, что московские и тверские войска одолели новгородские силы в двинской земле и районе Печоры. Разрушалась вся новгородская земля.
Для действий Ивана III настало подходящее время. Чтобы запугать боярскую партию, он приказал казнить Дмитрия Борецкого и трех других новгородских бояр. Другие пленные бояре и житьи люди были увезены в Москву и заключены под стражу. Пленники из молодших людей были освобождены и получили разрешение вернуться в Новгород. Это был умелый психологический ход, который укрепил промосковскую партию в Новгороде. В итоге «едоки ржаного хлеба» взяли там верх над «едоками пшеничного хлеба», и вече поручило архиепископу Феофилу отправиться в лагерь Ивана, расположенный в устье реки Шелонь, для заключения договора о мире.
Мир был дарован на условиях менее жестких, чем можно было ожидать в сложившейся ситуации. Новгородцы должны были выплатить штраф в размере 15500 рублей и разорвать свой договор с Казимиром. В договоре от 11 августа 1471 г. были повторены наиболее важные статьи договора 1456 г.76 Новгородцы также торжественно заверяли в том, что никогда не будут искать защиты у короля (великого князя) Литвы и никогда не примут служилых князей из Литвы. Более того, новгородцы должны были повторить обещания, данные ими отцу Ивана III в 1456 г. – никогда не принимать любого из потомков Шемяки или любого из «врагов» великого князя.
Новгородцы все еще называли себя в тексте договора «свободными людьми», но должны были признать Новгород «отчиной» (родовым владением) великого князя московского. Новгородская судная грамота должна была быть переделана от имени великого князя и скреплена его печатью.77
Иван вернулся в Москву 1 сентября 1471 г. Феофил прибыл в Москву из Новгорода 30 ноября и 15 декабря был торжественно возведен в сан митрополитом Филиппом. В честь этого события все новгородские пленники и получили разрешение вернуться домой.
Результаты войны 1471 г. были ужасны для Новгорода. Многие из его провинций были опустошены. Новым договором подтверждались не только наиболее унизительные статьи договора 1456 г., теперь новгородцы должны были также признать постоянную зависимость Новгорода от Москвы. При этом Новгород оставался полуавтономным государством, и если бы новгородцы смогли теперь объединиться в защиту оставшегося от их древних институтов, они могли бы попытаться предотвратить дальнейшее посягательство Москвы на их права, хотя бы на время. К сожалению, разногласия среди новгородцев не прекратились, и боярская партия все еще думала о восстании против Ивана III при первой же возможности.