После получения новгородского ответа Иван III объявил, что сами новгородцы предложили ему государеву власть и теперь называют его лжецом, что показывает их неверность и клятвопреступление. 30 сентября Иван послал в Новгород свое объявление войны.84 9 октября он начал наступление. Как касимовские татарские всадники, так и тверские войска присоединились к московской армии. Когда Иван достиг Торжка, его встретили два новгородских боярина, братья Клементьевы, которые просили Иван принять их на свою службу – прямое указание на отсутствие единства и растерянность новгородцев.
Иван достиг окраин Новгорода 27 ноября. Укрепив город, новгородцы отказались сдаться. Со своей обычной осторожностью Иван не стал пытаться штурмовать его, а плотно окружил его своими войсками, надеясь, что отсутствие продовольствия вскоре слом дух защитников. Несколько раз новгородцы посылали парламентеров к Ивану III, каждый раз предлагая все большее число уступок. Иван отвергал все предложения и настаивал на признаний своей полной суверенной власти. В особенности, он требовал роспуска веча и ликвидации вечевого колокола, уничтожения поста посадника; признания той же власти великого князя в Новгороде что и в Москве. 29 декабря новгородцы приняли условия Иван III, и 13 января 1478 г. новгородские знатные люди дали клятву верности своему государю. Новгородский служилый князь Василий Гребенка Шуйский отказался от своей клятвы Новгороду и заявил о верности Ивану. После принятия клятвы новгородский вельможи попросили Ивана III огласить свои «предпочтения» народу новгородскому. Иван разрешил князю Ивану Юрьевичу Патрикееву быть выразителем его воли. От имени великого князя князь Патрикеев заявил, что вследствие полного подчинения Новгорода, великий князь сменил свой гнев на милость и готов благожелательно отнестись к новгородцам. После этого все жители Новгорода приняли клятву в каждом его конце. 18 января новгородские бояре и житьи люди попросили Ивана III принять их на свою службу.
Для управления Новгородом Иван назначил двух наместников. Это были два князя из рода Оболенских – Иван Васильевич Стрига, известный полководец, и его брат Ярослав, – которые немедленно разместились на Ярославовом Дворище. Новгород лишился своих юго-восточных владений, и новгородцы были вынуждены сдать великому князю все сельские районы Торжокской (Новоторжской) волости; архиепископ передал десять сельских районов, принадлежавших его епархии. К тому же, население сельских районов, оставшихся новгородскими пятинами, должно было платить дань великому князю. Иван согласился, однако, что сами новгородцы могли собирать эту дань и передавать ему оговоренную часть поступлений.