Перед тем как покинуть Новгород Иван III приказал взять под стражу и отправить в Москву несколько новгородских бояр, конфисковав всю их собственность. Среди них была Марфа Борецкая и один из ее внуков. 17 февраля Иван покинул город и прибыл 5 марта в Москву. Новгородский вечевой колокол привезли в Москву и повесили на одной из колоколен.
Согласно польскому хронисту Длугощу, Иван III привез из Новгорода множество трофеев: серебра, золота, драгоценных камней, шелковой ткани, одежды и мехов. Часть этого была взята из архиепископской казны, а часть – из конфискованной собственности предателей. Триста телег было использовано для перевозки всего этого в Москву.85 В другом источнике стоимость трофеев оценивалась в 14000000 флоринов.86 Следует отметить, что большинство богатств, привезенных в Москву, предназначалось для великокняжеской казны, а не лично для Ивана III. Архиепископская казна была привезена лишь для сохранения и возвращена в Новгород в 1524 г.87
6. Восстание и конечное подчинение
В то время как большинство новгородцев подчинились, хотя и в мрачном состоянии духа, своей судьбе, некоторые из бояр попытались найти пути избавления от московского контроля. Опасаясь теперь открытого сопротивления, они стали действовать тайно. Сам архиепископ Феофил состоял в числе заговорщиков. Все они понимали, что Новгород может быть освобожден лишь с помощью сильных союзников. Несмотря на неспособность Казимира прийти на помощь Новгороду в 1471 г., заговорщики были готовы вновь обратиться к нему. Казимир также искал союзников для борьбы с 3 Москвой и в 1479 г. вел переговоры с ханом Ахматом, правителем Золотой Орды, о совместном наступлении на Московию. Боярские предводители в Новгороде без сомнения знали об этих планах.
Боярская партия попыталась также привлечь на свою сторону братьев Ивана III. Любимый брат Ивана, князь Юрий Дмитровский, умер в 1473 г. Юрий, родившийся в 1441 г., был младше Ивана III на год. После его смерти оставалось еще три брата. Андрей Большой, князь угличский (родился в 1446 г.); Борис, князь волоцкий (родился в 1449 г.) и Андрей Меньшой (родился в 1452 г.). Андрей Большой и Борис были не согласны с политической программой Ивана III и отстаивали расширение прав для меньших князей, поэтому сочувствовали бедствиям новгородце". Едва ли есть сомнения, что они поддерживали тайную связь в Казимиром, подобно боярским предводителям в Новгороде.
Очевидно в октябре 1479 г. Иван получил от своих агентов в Новгороде донесение о созревшем там боярском заговоре. 26 октября он направился в Новгород с малым войском в 1000 человек без всякого объявления войны, чтобы не возбуждать подозрений. Он приказал своему сыну Ивану Молодому (ему было тогда двадцать два года) собрать большее количество войск и следовать за ним. Возможно, что либо князь Андрей Большой, либо князь Борис предупредили новгородцев о намерениях Ивана III. В любом случае, они не были застигнуты врасплох. Заговорщики начали теперь открытую борьбу, собрали вече и восстановили древние формы новгородского правления.