Иван III должен был ждать, подкрепления. Даже когда Новгород был окружен его силами, новгородцы сначала отказались подчиниться. Вскоре, однако, они увидели, что дальнейшее сопротивление бесполезно, открыли городские ворота и запросили о прощении. Иван вошел в город около 15 января 1480 г., обещая простить всех, кроме главных заговорщиков. Пятьдесят из них. немедленно схватили. Под пыткой некоторые открыли имена других заговорщиков, включая архиепископа Феофила. 19 января Феофил был взят под стражу, перевезен в Москву и заточен в Чудовом монастыре. Были произведены дальнейшие аресты, и сто бояр было казнено; сотню житьих людей и купцов с семьями вывезли в Суздаль. В этот момент Иван III получил известие, что его братья Андрей Большой и Борис выступили против него, осадили некоторые московские города и разграбили княжество. Он вернулся в Москву и быстро подавил восстание; в апреле 1480 г. непокорные князья бежали в Великие Луки на бывшей новгородской территории и запросили защиты у Казимира. Он обещал вмешаться и отвел их женам для резиденции город Витебск. Со своей стороны, Иван III выслал посланника в Великие Луки, убеждая Андрея Большого и Бориса вернуться в Московию и предлагая им два города в придачу к их владениям.
Иван хотел достичь соглашения со своими взбунтовавшимися братьями как можно скорее, поскольку стало известно, что армия хана Ахмата направляется к реке Оке. В сентябре Андрей Большой и Борис вернулись в Москву и были хорошо встречены Иваном III. В это время Москва готовилась к нападению Ахмата, которое казалось неотвратимым. Однако этого не произошло, а поход Ахмата в целом провалился; 11 ноября 1480 г. хан спешно отступил к Сараю.
После того как опасность миновала, Иван III мог вновь обратить свое внимание на новгородские дела.89 В 1481 г. были схвачены еще четыре боярина. Три года спустя Ивану сообщили, что некоторые новгородцы ведут переписку с Казимиром. На основании этого донесения арестовали тридцать новгородских бояр и житьих людей. Под пытками каждый обвинял другого. Всех их приговорили к смерти, но когда привезли на эшафот для повешения, каждый попросил у другого прощения за ложные обвинения. Когда Иван III услышал это, то всем заменил казнь тюремным заключением. Приблизительно в это время были арестованы еще два знатных лица: «славная Настасья», которая угощала на пиру Ивана III в 1476 г., и боярин Иван Кузьмин, который бежал в Литву в 1478 г., но ничего не получил от Казимира и вскоре вернулся в Новгород. Собственность как Настасьи, так и Кузьмина была. конфискована.