Все вышеперечисленные подразделения были конными. Кроме них во многих случаях использовались пешие войска. В 1469 г. Иван III призвал для похода на Казань всех годных к строевой службе купцов и горожан в Москве и некоторых других городах. Они служили под командованием отдельного воеводы (подчиненного воеводе конных войск, который являлся главнокомандующим). Это городское ополчение воевало в пешем строю. Другим видом пехоты были казаки, впервые упоминаемые в русских летописях в Рязанской земле под 1444 г.219 В 1468 г. группу казаков послали из Москвы против казанских татар в район Камы. По-видимому эта группа в то время временно была расквартирована в Москве или неподалеку от нее. Судя по всему, постоянно они жили не в Москве, а где-то под Окой, у северной границы степей. Казаки воевали под командованием собственного выборного атамана, которым в 1468 г. являлся Иван Руно.
Замечательной чертой великорусской армии того периода был дух воинской инициативы и участие рядовых воинов в планировании походов. Прекрасным примером этого служит весеннее выступление 1469 г. против Казани. Русская армия под командованием старшего воеводы боярина Константина Александровича Беззубцова стояла в Нижнем Новгороде. По какой-то причине Иван III в последний момент решил отложить главное наступление на Казань и выслать вперед разведывательный отряд. Он приказал Беззубцову оставаться со штабом в Нижнем Новгороде и отправить в бой только добровольцев. Когда Беззубцов объявил солдатам великокняжескую волю, каждый пожелал сражаться с татарами «за всех христиан». Сначала они заказали молебен, а затем сами выбрали себе командира, казацкого атамана Ивана Руно. Спустившись по Волге на лодках, они 22 мая добрались до пригородов Казани. Татары контратаковали, русские понесли большие потери, но в целом поход достиг своей цели и подготовил почву для основного наступления, которое состоялось в августе и завершилась 1 сентября мирным договором.220 Другим примером участия командиров и рядовых воинов в планировании военных походе является совещание боярских и дворянских войск, созванное Иваном III в 1471 г. накануне наступления на Новгород.
Во второй половине своего правления Иван III столкнулся проблемой объединения населения новых полученных территорий (Новгород, Псков, Белоозеро) в армию Великого княжества Московского. Главный упор он теперь делал на увеличение дворянского ополчения. Его политика диктовалась как военными, та и политическими соображениями. С военной точки зрения отряды дворян, находившиеся под непосредственным управлением великого князя, лучше отвечали задаче централизации cтруктуры армии и объединению общего командования, чем подразделения предоставляемые князьями и боярами. С политической стороны, в случае любых выступлений аристократии правительство великого князя могло ожидать поддержку от дворян.