Не имея возможности ввести постоянный дворянский совет в противовес влиянию боярской думы, Иван III использовал другие средства для контроля за боярской администрацией. Он все более и более полагался на дьяков (государственных секретарей), обычно избираемых из людей незнатного происхождения Некоторые из них, такие как Федор Курицын, были учеными людьми, многие получили по русским стандартам того времени хорошее образование. Великий князь мог назначить и сместить, дьяка без консультаций с боярской думой; успех дьяка по службе, таким образом, зависел от его собственных способностей и лояльности к великому князю. Большинство дьяков были людьми весьма одаренными, а некоторых со всей ответственностью можно назвать выдающимися государственными деятелями. Они служили в качестве секретарей как великого князя, так и боярской думы, и при Иване III думные дьяки признавались полноправными членами думы. Им обычно поручалось управление великокняжеской казной и приказом иностранных дел, а также, как можно видеть из Судебника 1497 г. (статья 1), они участвовали в деятельности верховного суда.
Боярская дума являлась высшим правительственным органом Великороссии. Она служила законодательным советом и руководила как внутренними, так и внешними делами, а также занималась проблемами руководства армией. Великий князь председательствовал на заседаниях думы, когда считал это необходимым, обычно если предполагалось утверждение и обнародование важных решений. Рядовыми заседаниями руководил один из бояр, называемый первосоветником.229 Мы можем назвать его председателем и главой думы. Большую часть правления Ивана, до 1499 г., этот пост занимал князь Иван Юрьевич Патрикеев.
Мы бы ошиблись, если бы поверили, что бояре думали только о своих классовых интересах. Московские бояре явились важнейшим фактором построения Великого княжества Московского. Теперь они, вместе со служилыми князьями, превращали его в Великорусское государство. Бояре всем сердцем поддерживали великого князя в его политике объединения. Они также оказались готовы сотрудничать с великим князем в деле увеличения дворянского ополчения и снабжения дворянства землей, пока не были затронуты их права на собственные земли.
Каким бы значительным ни казался земельный фонд, полученный от Новгорода, его не хватало для полной реализации поместного плана. Кроме того, весь новгородский земельный фонд находился в одном регионе, Северной Руси. Он мог служить базой для защиты Новгородской и Псковской областей от балтийских немцев и шведов. Однако другие потенциальные театры войны – литовский на западе и татарский на юге и юго-востоке – тоже требовали внимания. Необходимо было более пропорциональное распределение поместных землевладений по всей территории Великороссии, чтобы, в случае необходимости, обеспечить готовность дворянской армии. Таким образом, требовалось больше земель для дворянства в центральной части Великороссии, а также в ее западных и юго-восточных пограничных районах.