Особо важные распоряжения он отдавал устно, с глазу на глаз, а если тайный указ облекался в письменную форму, его имел право читать только тот, кому он адресован. Прочитав грамоту, полученную из Тайного приказа, адресат обязан был ее тут же вернуть или сжечь в присутствии гонца. Если адресата не оказывалось на месте, посланец привозил грамоту обратно нераспечатанной.
Его умению хранить секреты могли бы позавидовать многие современники. Выполнив поручение, подьячие Приказа тайных дел должны были немедленно донести об этом царю. Если донесение излагалось на бумаге, они не смели касаться в нем сущности дела, а писали так: «Что, по твоему, великого государя, указу велено мне, холопу твоему, учинить, и то, государь, учинено же!» Попробуй пойми, что они там учинили! Но кое-что все же дошло до нас. Вот выдержка из наставления одному из доверенных лиц, отправленному с посольством: «Расспросить про все и разведати всякими мерами подлинно: какова их земля и сколь просторна, на скольких верстах, и сколько в ней городов, и сколь людна и каковы в ней люди».
Расходы Приказа тайных дел оформлялись так, чтобы никто не мог узнать, на что именно истрачены деньги. «Выдать такую-то сумму такому-то подьячему», — указывал царь, а на расписке в получении делалась пометка: «В расходный стол по указу тех денег писать не велено». Для выполнения поручений выезжали, не мешкая, в любое время года и суток.
— Чтоб без московской волокиты! — сердито покрикивал Алексей Михайлович.
Когда возникала нужда доставить особо важное, секретное письмо иностранному правителю, своему послу или воеводе, царь наряжал для этого не обычных гонцов, а подьячего Приказа тайных дел. Причем часто подьячему давались дополнительные поручения, перечисленные в составленном лично Алексеем Михайловичем тайном наказе: собрать сведения о настроении населения, выведать стороной о чем-то, поговорить «наедине» — скорее всего с кем-то из «тайных» людей. Мало того, подьячим рекомендовалось скрывать, в каком приказе они служат, а выдавать себя за каких-нибудь других лиц. Ну, чем не прообраз Интеллидженс сервис, Третьего отделения или ВЧК? Только на много лет раньше всех прочих!
Фактически царь создал объединенную сеть тайного политического сыска, разведки и контрразведки. Но главное, он начал вести глубокую стратегическую, политическую и военную разведку!
Служба в Тайном приказе и усердие при выполнении поручений оплачивались очень высоким по тем временам жалованьем в триста рублей, не считая прочих льгот и подарков, а также способствовали успешному продвижению: подьячие Тайного приказа назначались дьяками в другие приказы, дьяки становились думными дьяками, но и тогда они продолжали вершить тайные дела — уже сложился принцип, что из разведки можно уйти, но порвать с ней — никогда!