Гарай нередко посещал Кортеса, чтобы обсудить с ним общие дела — предстоящую свадьбу их детей, а также экспедицию к северу от реки Пальмас, на земли, которые он получил согласно их договоренности. Для этого похода Кортес пообещал дать ему подкрепление из своих солдат и капитанов, поскольку Гарай потерял немало людей, дезертировавших из его отряда: некоторые поступили на службу к Кортесу, надеясь разбогатеть, другие же в поисках удачи рассеялись по землям, населенным индейцами.
На Рождество оба посетили утреннюю мессу в новом храме в Мехико, переделанном из бывшего главного святилища Тлателолько. После мессы они отправились завтракать. Гарай не подавал виду, что плохо себя чувствует: здоровье аделантадо пошатнулось еще с тех пор, когда его войско взбунтовалось и разгромило асьенду Гарая.
Вечером того же дня, вернувшись в покои, которые гостеприимно предоставил ему дон Алонсо де Вильянуэва, аделантадо почувствовал себя совсем больным, о чем уведомил Кортеса, послав ему записку. Губернатор отправился навестить Гарая, захватив с собой личного врача, который объявил, что больной страдает колотьем в боку. Как ни старались они спасти жизнь Гарая, несчастный был обречен и спустя десять дней скончался от своей болезни, а вовсе не от яда, который якобы ему подсыпал Кортес, как утверждали некоторые злые языки.
То, что он умер именно от этой болезни, — чистая правда, потому что это подтвердили несколько разных докторов, которые никак не зависели от Кортеса. Видимо, бок у него заболел из-за простуды, которую он подхватил, выходя из храма после мессы. Ему стало плохо, когда он вернулся в дом Вильянуэвы, а не в доме у дона Эрнана, так что ни о каком отравлении не могло быть и речи.
Перед смертью Франсиско де Гарай позвал к себе Кортеса и, лежа на смертном одре, попросил, чтобы тот стал его душеприказчиком.
— Я поручаю вам все свои дела, которые оставляю в этом мире, — прошептал умирающий. — Жизнь моя вот-вот прервется, и я выбрал вас своим поверенным, и не только потому, что мы договорились поженить наших детей — обещание, которое, надеюсь, вы исполните, — но и потому, что я доверяю вам, как своему другу, верному слуге закона и как человеку чести, который умеет держать свое слово.
— Не волнуйтесь, дон Франсиско, я уверен, вы еще поправитесь, — подбодрил его Кортес, несмотря на то что лицо умирающего уже покрылось предсмертной испариной. — Клянусь вам, что, если смерть все же настигнет вас, я сделаю все так, как вы хотите. Свадьба состоится, и ваш сын получит право на завоевание и освоение отданных вам земель, тех, что находятся к северу от реки Пальмас.