Степану было десять лет, когда отца перевели служить в Сибирскую флотилию, базировавшуюся в то время, в Николаевске-на-Амуре, куда он и переехал со своей семьей.1 (Все сноски в конце книги.)
По дороге в Николаевск Осип Федорович остановился на несколько дней в Петербурге. Здесь он с большим трудом выхлопотал для своих сыновей места в морских учебных заведениях. Старшего, Ивана, удалось определить в Петербург, а остальных двух — в учебные заведения Николаевска: Якова — в училище инженер-механиков, а Степана — в морское штурманское училище.2
Чтобы поступить в училище, Степану необходимо было выдержать экзамен, и на всем пути из Петербурга в Николаевск он, запасшись учебниками, много и старательно готовился к нему. Путешествие продолжалось пять месяцев.
Прибыв на место, Осип Федорович с головой ушел в работу, исправляя должность адъютанта командира флотского экипажа. Затем он был назначен смотрителем казенных портовых зданий и, наконец, командиром речных пароходов, совершавших рейсы по Амуру. В Николаевске предприимчивому Макарову без особых затруднений удалось снова обзавестись хозяйством и приобрести собственный домик.
Вскоре после приезда робкий и конфузливый Степа переступил порог училища. Экзамен он выдержал успешно и был зачислен в младшее отделение училища.
Первая неделя, проведенная в училище, показалась Степану чрезвычайно долгой. Однако хоть и скучновато было в училище, его поддерживало сознание, что учение идет успешно и ничто из ранее пройденного им не забыто.
С присущим ему юмором Макаров впоследствии нарисовал яркую картину царивших в училище нравов и порядков. Преподавателями училища были портовые офицеры и чиновники, которые, не получая никакого вознаграждения за свой труд, не слишком обременяли себя посещением классов и учили как кому вздумается. Так, например, преподаватель русской истории Невельской за всю зиму пожаловал на уроки только два раза, «так что я, — вспоминает Макаров, — успел пройти из этого предмета одну Ольгу святую». Учителя математики сменялись три раза, пока нашли, наконец, такого, который смог кое-как вести курс. Но и этот показал себя на экзамене «ужасной скотиной». Он самым бесцеремонным образом обрывал учеников, заявляя, что нельзя не знать вещей, о которых он столько раз толковал, хотя на самом деле, вспоминает Макаров, «в продолжение всей зимы никому из нас ничего не показал».
Директор училища подполковник В. М. Бабкин заглядывал в училище ежедневно поутру. Но предварительно он заходил на скотный двор, являвшийся основой существования училища. Найдя там непорядки, «а потому наполовину рассерженный», являлся он в комнату, где находились ученики, требовал классный журнал и начинал бранить и читать наставления тем из воспитанников, которые получили плохие отметки. Это была поистине «трогательная сцена», заставлявшая многих из воспитанников рыдать. Затем являлся каптенармус и докладывал о совершенных воспитанниками преступлениях: такой-то разбил тарелку, такой-то сломал нож, третий разорвал штанину, перелезая через забор, и т. д. Директор окончательно выходил из себя.