Почти сразу он был назначен комендантом железнодорожной станции в Хайларе, затем стал военным советником при монгольском князе Фушенге. Его расквартированная в этом городе «бригада» насчитывала около восьмисот всадников племени харачинов – самого дикого и воинственного из племён Внутренней Монголии. Год назад они совершили набег на восточные аймаки Халхи (в бою с ними был ранен будущий председатель Монгольской Народно-Революционной партии, в то время пулемётчик войск ургинского правительства Сухэ-Батор); позднее Фушенга с помощью японских артиллеристов и на японские деньги воевал с китайцами, а теперь по совету всё тех же японцев поступил на службу к Семёнову, который с самого начала внимательно смотрел в сторону Токио. Харачины были известны как отъявленные разбойники, и для контроля над ними требовался человек с железной рукой. Для этой роли Унгерн подходил как нельзя лучше. Постепенно у себя в штабе он сосредоточил фактическое командование «бригадой». Все важнейшие вопросы решались русскими и японскими инструкторами, сам Фушенга царствовал, но не управлял.
В августе 1918 года, при очередном наступлении Семёнова в Забайкалье, харачины по распоряжению штаба Особого Маньчжурского отряда угнали из приаргунских станиц, поддержавших Лазо, восемнадцать тысяч овец. Их предполагалось передать казакам, которые пострадали от большевистских реквизиций. Но ни возмездие, ни восстановление справедливости осуществить не удалось. Обнаружилось, что не то по ошибке, не то по неистребимой привычке к разбою харачины угнали не тех овец – большинство их принадлежало казакам, служившим не у красных, а у Семёнова. Часть стада Унгерн вернул владельцам, но породистые овцы были уже испорчены, поскольку их гнали вперемешку с баранами и оплодотворили на несколько месяцев раньше, чем положено по скотоводческому календарю. Другую часть успели продать, остальное пошло на пропитание самим харачинам. Пострадавшие от реквизиций казаки вообще ничего не получили. Естественно, разразился скандал. Но когда член войскового правления Гордеев, на которого со всех сторон сыпались жалобы, обратился за разъяснениями к начальнику снабжения Маньчжурского отряда, тот сказал: «О, этого вопроса вы, батенька, не поднимайте. Ведь это сделал барон!… Батенька, если я об этом заявлю, мой чуб затрещит. Тут есть особый пункт, которого касаться нельзя!» Иными словами, с Унгерном лучше не связываться. Причины этой странной неприкосновенности барона объяснялись, видимо, не столько его дружбой с Семёновым, сколько с теми, от кого всецело зависел сам атаман – с японцами.