Во время плаваний Колчак выполнял не только строевые офицерские обязанности. Он усиленно занимался самообразованием, пополнением специальных и общих знаний. Вместе с тем он в служебном порядке вел работы по океанографии и гидрологии. Колчак все больше утверждается в намерении, вызревавшем со времени обучения в морском корпусе, участвовать в экспедициях, заняться океанографией, наукой. И в этом направлении он уже тогда сделал пер-вые серьезные шаги. В 1899 г. Колчак опубликовал статью «Наблюдения над поверхностными температурами и удельными весами морской воды, произведенные на крейсерах „Рюрик“ и „Крейсер“ с мая 1897 г. по март 1898 г.».
Командир «Крейсера» Г. Ф. Цывинский позднее, став адмиралом, писал: «Одним из вахтенных учителей был мичман А. В. Колчак. Это был необычайно способный и талантливый офицер, обладал редкой памятью, владел прекрасно тремя европейскими языками, знал хорошо лоции всех морей, знал историю всех почти европейских флотов и морских сражений».
Товарищи Колчака по плаваниям отмечали, что он находил время на изучение древних индийской и китайской философий. Культура Востока его влечет и позднее, когда в 1917 — 1918 гг. он оказался в Японии и Китае. Чтобы иметь возможность читать произведения китайских мыслителей в подлинниках, он изучает китайский язык.
По прибытии в Кронштадт Колчак отправился к вице-адмиралу С. О. Макарову, готовившемуся к плаванию на ледоколе «Ермак» в Северный Ледовитый океан. Встреча была примечательной, хотя она и не привела к немедленному осуществлению мечты о плавании в полярных водах. «Я просил, — отмечал Колчак, — взять меня с собой, но по служебным обстоятельствам он не мог этого сделать, и „Ермак“ ушел без меня. Тогда я решил снова идти на Дальний Восток, полагая, что, может быть, мне удастся попасть в какую-нибудь экспедицию, — меня очень интересовала северная часть Тихого океана в гидрологическом отношении. Я хотел попасть на какое-нибудь судно, которое уходит для охраны котикового промысла на Командор-ские острова к Беринговому морю, на Камчатку. С адмиралом Макаровым я очень близко познакомился в эти дни, так как он сам много работал по океанографии».
Следовало бы отметить, что в другом случае, в автобиографии, Колчак говорит о своих более ранних мечтах, в пору обучения: «Еще будучи в корпусе, и во время плавания на Восток, я интересовался океанографическими исследованиями в полярной области. Моим всегдашним желанием было снарядить экспедицию для продолжения работ в Южном Ледовитом океане, начатых нашими знаменитыми исследователями адмиралами Беллинсгаузеном и Лазаревым». Таким образом, позднее, видимо, под влиянием С. О. Макарова, внимание Колчака было переориентировано на Север, к рубежам Российской империи. Тогда, по возвращении с Даль-него Востока, в Петербурге Колчак узнает о готовящейся Академией наук под руководством барона Э. В. Толля Русской полярной экспедиции. Она имела целью исследовать земли на севере от берегов Сибири. Предложить свои услуги Академии Колчак не решился. Однако судьба сама нашла его. Проплавав некоторое время во внутренних, российских водах на судне «Князь Пожарский», что было худшим вариантом деятельности для него, Колчак вскоре, в сентябре 1899 г., на эскадренном броненосце «Петропавловск» вновь отправился на Дальний Восток. В Средиземном море, во время стоянки корабля в греческом порту Пирей, Колчак совершенно неожиданно получил предложение из Академии, от Э. В. Толля, принять участие в упомянутой экспедиции. Оказывается, работы А. В. Колчака обратили на себя внимание барона, нуждавше-гося в трех морских офицерах. Оказал содействие и академик Ф. Б. Шмидт, к которому Колчак обращался ранее с просьбой выяснить, нельзя ли попасть в экспедицию. Поступившее предложение Колчак принял немедленно. Вопрос о временном переводе его с военной службы в распоряжение Академии наук был благополучно решен. Из Греции через Одессу он вернулся в Петербург и в январе 1900 г. явился к Толлю.