В сентябре 1918 г. Колчак выехал из Японии во Владивосток. С ним вместе в Россию возвращалась и А. В.Тимирева.
По прибытии во Владивосток Колчак знакомится с ситуацией не только на Дальнем Востоке, но и вообще и восточных районах страны. О многом узнает впервые, в частности о только что состоявшемся совещании в Уфе представителей различных политических сил и об образовании Директории — Временного Всероссийского правительства.
Директория была создана 23 сентября 1918 г. в составе председателя правого эсера Н. Д. Авксентьева, кадета II. И. Астрова, беспартийного генерала В. Г. Болдырева, беспартийного, близкого к кадетам П. В. Вологодского и народного социалиста Н. В. Чайковского. Из-за нахождения за линией фронта Астрова и Чайковского их заместителями были избраны кадет В. А. Виноградов и эсер В. М. Зензинов, так и оставшиеся фактическими членами Директории. Деловым аппаратом Директории стало Омское правительство с его Административным советом, потом реорганизованным в Совет министров. Другие местные правительства, органы власти были ликвидированы или реорганизованы и подчинены Директории и ее Совмину. 9 октября 1918 г. Директория обосновалась в Омске. Председателем Совета министров был П. В. Вологодский, бывший прежде, как уже отмечалось, председателем Временного Сибирского правительства.
С созданием Директории белое движение на востоке России консолидировалось, хотя сепаратизм различных организаций и не был устранен и в дальнейшем остро сказывался. Директория по составу и направленности политики была кадетско-эсеровской. Но реальной властью обладал Совет министров при Директории, который фактически стремился выйти из-под ее контроля и встать над ней. Совет министров, имея поддержку военных, в том числе казачьих кругов, испытывал их давление, придерживался куда более радикальных ориентации, нежели Директория. Разнородные силы в сложившейся системе власти, в Совете министров как-то уравновешивал его председатель и член Директории П. В. Вологодский.
П. В. Вологодский в Уфимском совещании не участвовал (в Директорию был избран заочно), так как находился в поездке по Дальнему Востоку, налаживая контакты с местными конкурировавшими органами власти и организациями, с военным командованием. Именно в эти дни он встретился во Владивостоке с Колчаком по инициативе последнего. Эта встреча оказалась для Колчака полезной и для получения информации, и для ориентации в последующих действиях.