В 1511 году Диего де Веласкес начал завоевание Кубы. Кортес, отказавшись от своих владений, сменил спокойное существование землевладельца на полную приключений жизнь конкистадора Во время кубинского похода он благодаря своей открытой, жизнерадостной натуре и мужеству приобрел немало друзей. Кортес находился в фаворе у вновь назначенного губернатора Велас-кеса и даже стал личным секретарем своего покровителя. Он поселился в первом испанском городе на Кубе, в Сантьяго-де-Барракоа, где дважды избирался алькальдом (городским судьей). Он достиг успехов и как землевладелец, занявшись разведением овец, лошадей, крупного рогатого скота. В последующие годы он полностью посвятил себя обустройству своих поместий и с помощью выделенных ему индейцев добыл в горах и реках большое количество золота.
Изменения произошли и в его личной жизни; в Сантьяго, в присутствии губернатора, Кортес отпраздновал свою свадьбу с Каталиной Суарес, происходившей из мелкопоместного дворянства Гранады.
За годы, проведенные на Кубе, Кортес многому научился. Он понял, что продажное испанское чиновничество играет главную роль в карьере колониста. О любезности и дипломатической ловкости будущего завоевателя говорит то обстоятельство, что, несмотря на случавшиеся время от времени любовные интрижки и другие эскапады, приводившие к стычкам с Веласкесом, он продолжал пользоваться благосклонностью своенравного наместника.
Веласкес назначил Кортеса главнокомандующим экспедиции в Центральную Америку. Эрнан без промедления приступил к снаряжению флота. Он заложил свои имения, занял деньги у нескольких богатых граждан Сантьяго, а когда его кредит был исчерпан, использовал кредиты, предоставленные его Друзьям. Репутация Кортеса, а также весть о богатстве вновь открытых стран заставили многих искателей приключений поспешить под его знамена. Было снаряжено шесть кораблей, более трехсот человек вызвалось принять участие в экспедиции.
Однако Веласкес хотел ограничить размеры экспедиции небольшим количеством участников и кораблей, а цели ее – продолжением открытий, чтобы затем самому приступить к колонизации страны. Размах приготовлений вызвал недовольство губернатора, и он отстранил Кортеса от командования экспедицией.
Кортес в этой непростой для него ситуации проявил способность быстро принимать решения, что впоследствии не раз спасало экспедицию от верной гибели. Несмотря на то что экипаж не был полностью укомплектован, а корабли недостаточно оснащены, Эрнан Кортес тайно отдал приказ поднимать паруса В полночь небольшая флотилия снялась с якоря. Кортес рисковал головой, лишь успех экспедиции мог спасти его.