В июле 1529 года конкистадору были переданы новые участки земли в столице Оахака. Кортес стал сеньором 22 поселений и 23 000 вассалов-индейцев. Женившись на Хуане Суньига, дочери графа де Агилара и племяннице герцога де Бехара, Эрнан получил доступ в наиболее влиятельные дома высшей испанской аристократии. Один из его подарков молодой невесте – два сказочно красивых изумруда, вырезанных в форме роз (работа мексиканских мастеров), – вызвал восхищение всего двора. Слава завоевателя гремела по всей Европе и в Новом Свете, так что Кортес, по свидетельству современников, соперничал в славе полководца с Александром Македонским и в богатстве с Крезом.
Весной 1530 года он в сопровождении супруги и своей престарелой матери доньи Каталины вернулся в Мексику, где посвятил себя преимущественно задачам колонизации. Он завез с Кубы сахарный тростник, разводил мериносовых овец и разрабатывал золотые и серебряные рудники. Но эти мирные занятия не могли удовлетворить его натуру авантюриста.
В 1532 и 1533 годах он снарядил две небольшие флотилии. Кортес предпринял попытку основать в Калифорнии поселение. Но подобные предприятия требовали больших денег, не принося ничего взамен. В 1535 году Кортес сам отправился в экспедицию, прошел вдоль побережья Калифорнийского залива до 30-го градуса северной широты. На юге Калифорнийского полуострова он основал город Санта-Крус, нынешний Ла-Пас В 1539 году три корабля не вернулись назад. Финансовый ущерб, нанесенный Кортесу, составил в итоге почти 200 000 золотых дукатов.
Тем не менее географические открытия были весьма значительными. Было установлено, что Калифорния не остров, а часть материка. Наконец Кортес исследовал большие участки западного побережья американского континента и Калифорнийский залив. Несмотря на трудности, он задумал новую экспедицию под командованием своего сына дона Луиса. Однако первый вице-король Новой Испании Антонио де Мендоса, который сам претендовал на открытия в этой области, не одобрил предприятия. Возмущенный Кортес решил отправиться к королю.
В 1540 году в сопровождении своего сына дона Мартина Кортеса он высадился в Испании. Король отсутствовал, тем не менее в столице Кортесу был оказан пышный прием. Его тепло приветствовали в совете по делам Индии, но ощутимых успехов маркиз не добился.
В 1541 году Кортес вместе с сыном принял участие в памятном алжирском походе Карла V. Во время шторма, который уничтожил часть флота, галера маркиза также стала жертвой стихии. Кортесам едва удалось спастись
К сожалению, все инициативы Кортеса в Испании не находили отклика у дворян. По возвращении на родину король также не поддержал его планов расширить границы испанской империи за счет всей территории вновь открытого континента. После трех лет, проведенных в ожидании, Эрнан решил вернуться в Мексику.