13 августа 1521 года испанцы ворвались в город и, подавив сопротивление оборонявшихся, захватили его. По разным данным погибло и умерло от голода или болезней от 24 до 70 тысяч мексиканцев. Точное число потерь испанцев тоже не установлено; по меньшей мере 100 человек попали в плен и были принесены в жертву языческим богам, примерно столько же погибло. Потери союзников приближались к 10 тысячам.
Осада продлилась 75 дней, и, согласно сообщениям Кортеса, не было дня без боя с индейцами. Вождь ацтеков Куаутемок во время бегства попал в руки испанцев и, закованный в цепи, предстал перед Кортесом.
Однако сокровища, ради которых, собственно, и затевалась эта грандиозная операция, бесследно исчезли. Вероятно, часть своих богатств индейцы затопили в озере или спрятали в каком-то другом месте. Куаутемок даже под пытками не сказал, где спрятаны сокровища Монтесумы.
До 1524 года испанские конкистадоры основали в Мексике несколько городов. Кортес большую часть времени проводил в Койоуакане, откуда лично руководил восстановлением Теночтитлана. В эти годы он проявил себя как талантливый колонизатор. По воле испанца путем слияния древнеаме-риканской и христианских культур должна была возникнуть новая иберо-аме-риканская культура. Большой прогресс был достигнут и в обращении индейцев в христианство. Кортес просил короля прислать миссионеров «доброй и образцовой жизни».
Сам Кортес на протяжении всей жизни пользовался доверием туземцев, для которых он часто выступал в качестве адвоката и которые, по свидетельству очевидцев, очень уважали и почитали его. Однако недоверие испанского двора к конкистадору и серьезные подозрения со стороны королевских чиновников в самой Мексике не позволили Эрнану Кортесу осуществить свою мечту – распространить власть Испании до Южного моря и до берегов Азии. Тем временем его, принесшего монарху в качестве трофея могущественную державу, завистники обвинили в стремлении к отделению от испанской короны.
Кортес отправился в Испанию для встречи с королем. В конце мая 1528 года конкистадор с внушительной свитой высадился в порту Палое. При дворе императора его приняли со всеми почестями. Кортес поклялся в своей верности монарху. 6 июля 1529 года император пожаловал ему титул «Маркиз дель Валле-де-Оахака», наградил большим крестом ордена Святого Иакова и подарил ему обширные земельные угодья в Мексике. Однако должности губернатора Новой Испании на этот раз Эрнан не получил. Назначенный генерал-капитаном Новой Испании и островов Южного моря, Кортес не обманывался относительно того, что новые большие экспедиции смогут закончиться успешно лишь в том случае, если первооткрыватель будет располагать губернаторскими полномочиями.