Главную свою задачу Писарро видел в строительстве городов для испанцев. Он основал семь из них – и все семь сохранились до наших дней. Столицу решено было расположить на побережье, для поддержания морских связей с остальной частью Испанской Америки Город появился в 1535 году на берегу реки Римак и первоначально носил название Сьюдад-де-лос-Рейес – «город королей». Однако сохранилось не столь претенциозное название, а искаженный топоним самой реки – Лима.
На склоне жизни Писарро занимался прокладкой улиц в городах, раздаривал дома своим друзьям. Индейцы выстроили и его личную резиденцию в испанском стиле, с патио – внутренним двориком, засаженным привезенными оливковыми и апельсиновыми деревьями.
Но спокойное время продолжалось недолго. Младшие братья Писарро и другие испанцы в Куско нарушили договор и оскорбили марионеточного правителя Манко. Взбешенный, он тайно мобилизовал свою армию и приготовил оружие. В апреле 1536 года Мано исчез из Куско и созвал своих вождей на встречу, где они поклялись изгнать ненавистных завоевателей из Перу И уже в мае 190 испанцев в Куско оказались окруженными индейцами.
Восстание Манко продолжалось до декабря. Четыре экспедиции, посланные Писарро в поддержку своих братьев, потерпели поражение в горах, еще на подходах к Куско. Около 500 испанцев были убиты. И все-таки перуанцам не удалось освободить свою страну. Корабли с подкреплением прибыли из Центральной Америки, и блокада Куско была прорвана. Манко бежал в джунгли Амазонии, к священному городу Мачу-Пикчу, где и правил остатками своей империи вместе с тремя сыновьями в течение 35 лет.
Но еще большие трудности, чем с индейцами, испытал Писарро со своим старинным соратником и даже когда-то другом Диего де Альмагро Тот всегда организовывал снабжение и пополнял людьми экспедиции Писарро. И был жестоко уязвлен тем, что король назначил его лишь губернатором Перу Как только представился случай, Альмагро обвинил Писарро в присвоении всех званий.
Тогда Писарро сделал дипломатический ход Альмагро в награду за усердие предоставлялась земля на юге Перу, но когда Диего прибыл туда, то был разочарован – там нечем было поживиться Он не знал, что на подвластной ему территории находится Потоси, где позже испанцы откроит богатейшие в мире залежи серебра Альмагро претендовал на Куско Схватки между испанцами не заставили себя долго ждать, причем они были не менее яростными, чем битвы с индейцами
Междоусобицы закончились в Куско в 1538 году, когда Альмагро было нанесено поражение братом Писарро – Эрнандо Неистовый и кровожадный Эрнандо казнил 120 человек, а самого Альмагро убил как предателя Но это была его ошибка Вернувшись в Испанию, он был заключен в тюрьму за этот акт мести