К середине 1533 года выкуп был собран. Комнату заполнили сказочно прекрасными золотыми изделиями. Многие из них представляли собой немалую художественную ценность, но для испанцев это был лишь дорогостоящий металл, и все было переплавлено в слитки. Пятая их часть была отправлена королю Испании, остальное разделили между собой конкистадоры, больше всего золота досталось, конечно, Писарро. И несмотря на это, Атауальпа был казнен.
Испанские власти в Панаме осудили казнь. Они считали, что Атауальпа должен был быть доставлен в Центральную Америку или Испанию. Король Карлос также писал Писарро о своем недовольстве насильственной смертью: Атауальпа был все же монархом, и казнь его подрывала веру в божественное происхождение власти.
Итак, покорение Перу началось с захвата и казни его владыки, сражения последовали позже. Во время 800-мильного марша по Великой дороге инков от Кахамарки до Куско отряд Писарро провел четыре сражения против армии Атауальпы. Инки сражались храбро, и какое-то количество захватчиков было убито. Но все же они не могли противостоять оружию и тактике испанцев. Большим тактическим преимуществом конкистадоров были их конные воины – до прихода европейцев в Америке не видели лошадей. Инки думали больше о том, как убить одно такое животное, преследовавшее их, чем десять пеших воинов. И почти на каждого убитого испанца приходились сотни убитых инков.
15 ноября 1533 года Писарро пришел за главным призом – он ступил в столицу инков Куско.
Чтобы закрепить завоеванное, Писарро возвысил одного из уцелевших сыновей Уайна Капаки – Манко, он был коронован в начале 1534 года Конкистадоры надеялись, что новый Инка станет марионеткой в их руках и окажет помощь испанцам в порабощении своего народа.
Когда Писарро было уже далеко за пятьдесят, он по существу стал правителем, а лучше сказать, грабителем огромной страны. Сокровища Куско были захвачены, переплавлены и распределены между завоевателями. Золота и серебра оказалось даже больше, чем от выкупа Атауальпы. Писарро совсем не имел опыта в управлении государством. Давали себя знать возраст и пережитые тяготы. Чтобы заставить испанцев остаться в этой далекой стране, он выделил каждому офицеру в награду тысячу индейцев. Писарро приказал священнику Куско защищать интересы индейцев, а также издал указ, предусматривающий для испанцев наказания за надругательство над аборигенами. Но это мало помогало, индейцы вымирали катастрофически быстро. Приходило в упадок, так же как ирригационное хозяйство, и террасное земледелие инков.