Через пустынное плато экспедиция с боем прошла долину Чикоана, где ему удалось получить лам и кое-какой провиант Но при переходе через стремительный горный поток большая часть животных погибла. Это был ощутимый удар для экспедиции.
Особенно тяжело дался переход через Анды Солдаты гибли от холода, болезней и истощения Не раз приходилось выдерживать битвы с воинственными племенами, которых еще не коснулась никакая цивилизация Туземцы нападали на испанцев с такой яростью, что ничего подобного завоеватели не видали ни в Перу, ни в какой-либо другой завоеванной стране. Альмагро дошел до 30° южной широты, но ни золота, ни сокровищ в этом краю не оказалось. Тем не менее он упорно продолжал продвигаться к югу, пока измученные солдаты не отказались наотрез продолжать этот бесполезный поход. В сентябре 1536 года Альмагро пришлось повернуть обратно.
Альмагро вернулся в Перу, когда часть страны охватило восстание, поднятое Манко Капаком. Индейцы полгода осаждали столицу страны Куско, где заперлись с горсткой людей Эрнандо и Гонсало Писарро, третий брат, Хуан, был убит во время вылазки
Перуанцы были уже близки к тому, чтобы взять город штурмом, когда у стен Куско неожиданно появился со своим отрядом Диего де Альмагро. На обратном пути в Перу ему пришлось пересечь гористую песчаную пустыню Атакаму, где его солдаты перенесли не меньше страданий от зноя и жажды, чем в Андах от снега и холода. Достигнув перуанской территории, он узнал о восстании, разбил наголову войска Манко и снял осаду с Куско.
Сославшись на то, что этот город неподвластен Писарро, Альмагро ввел в него своих солдаг. Перевес в силах был на его стороне, и братьям Писарро пришлось сложить оружие. 8 апреля 1537 года Альмагро взял под арест Эрнандо и Гонсало Писарро и объявил себя законным губернатором перуанской столицы.
В это же самое время значительный отряд перуанцев осаждал новую столицу _ Лиму, где находился Франсиско Писарро. Все свои корабли он отправил за подкреплениями в Панаму и послал гонцов в недавно построенную крепость Трухильо, где во главе большого гарнизона находился Алонсо де Альварадо Писарро приказал ему немедленно отправиться в Куско на выручку Эрнандо и Гонсало. Приблизившись к городу, Альварадо с удивлением узнал, что осада с Куско снята и он снова находится в руках испанцев. Не успел Альварадо опомниться, как Альмагро устроил засаду и взял в плен весь его отряд
Теперь силы Альмагро удвоились, так как к нему охотно присоединились почти все солдаты Альварадо. После этого Альмагро оставалось только двинуться на Лиму, чтобы раз и навсегда покончить с Франсиско Писарро и объединить под своей властью оба губернаторства На это и намекали ему некоторые офицеры, в особенности Оргоньос, побуждавший его немедленно уничтожить обоих братьев Писарро, а затем ополчиться на бывшего компаньона и союзника Но кого Юпитер захочет погубить, – сказал римский поэт, – у того он отнимет разум Альмагро, который во всех других случаях никогда не чувствовал угрызений совести, на этот раз проявил нерешительность, а вернее всего, испугался далеко идущих последствий своего бунта против «великого маркиза» Так или иначе, вместо того чтобы выступить в поход, он остался в Куско