Проведение экспертизы могут инициировать как лица, участвующие в деле, так и суд. Лица, участвующие в деле, обладают широкими полномочиями. Они имеют право просить суд назначить проведение экспертизы в конкретном судебно-экспертном учреждении или поручить ее конкретному эксперту; заявлять отвод эксперту; формулировать вопросы для эксперта; знакомиться с определением суда о назначении экспертизы и сформулированными в нем вопросами; знакомиться с заключением эксперта; ходатайствовать перед судом о назначении повторной, дополнительной, комплексной или комиссионной экспертизы. В то же время лица, участвующие в деле, несут определенные обязанности, при несоблюдении которых могут наступить нежелательные последствия. Так, «при уклонении стороны от участия в экспертизе, непредставлении экспертам необходимых материалов и документов для исследования и в иных случаях, если по обстоятельствам дела и без участия этой стороны экспертизу провести невозможно, суд в зависимости от того, какая сторона уклоняется от экспертизы, а также какое для нее она имеет значение, вправе признать факт, для выяснения которого экспертиза была назначена, установленным или опровергнутым». Каждое лицо, участвующее в деле, вправе представить суду вопросы, которые должны быть разъяснены экспертом. Окончательно круг вопросов, по которым требуется заключение эксперта, определяется судом. Отклонение предложенных вопросов суд обязан мотивировать (ч. 2 ст. 79 ГПК).
О назначении экспертизы суд (судья) выносит определение, в котором указывается: предмет экспертизы (например, кому принадлежит подпись на документе и проч.), круг материалов, подлежащих экспертному исследованию (или объекты исследования: договоры, расписки, образцы свободного письма и подписей лиц и проч.), эксперт или экспертное учреждение.
Определение о назначении экспертизы направляется либо конкретному специалисту, либо в адрес экспертного учреждения. В свою очередь, руководитель экспертного учреждения назначает экспертов, предупреждает их об уголовной ответственности за дачу заведомо ложного заключения, выполняет иные контрольные функции. При направлении определения суда в адрес конкретного эксперта он также предупреждается об уголовной ответственности за дачу заведомо ложного заключения.
Эксперт может отказаться от дачи заключения, если представленные ему материалы недостаточны или если он не обладает знаниями, необходимыми для выполнения возложенной на него обязанности. Эксперту может быть заявлен отвод по основаниям, указанным в ГПК.