Поводом для мятежа заговорщикам послужил отказ команды повиноваться приказу Магеллана об обязательном участии в мессе на берегу 1 апреля 1520 года. За первым неповиновением вскоре последовало второе. В ночь с 1 на 2 апреля капитан корабля «Консепсьон» Хуан де Картахена во главе вооруженного отряда завладел кораблем «Сан-Антонио» и арестовал его капитана, державшего сторону Магеллана. Экипаж «Сан-Антонио» был обезоружен.
Утро 2 апреля показало, что дела адмирала складываются неважно: три корабля из пяти, составлявших эскадру, были уже в руках бунтарей. Магеллан пустился на хитрость. Он послал преданного ему Эспиносу с несколькими вооруженными матросами на корабль капитана Луиса де Мендосы «Виктория» якобы для того, чтобы начать переговоры. Кичившиеся своей голубой кровью зачинщики мятежа были настолько самонадеянны, что не считали нужным соблюдать меры предосторожности. Эспиноса был принят мятежным капитаном с глазу на глаз. Когда Мендоса с издевкой потребовал безоговорочной капитуляции Магеллана, Эспиноса молниеносно выхватил спрятанный в рукаве стилет и всадил его Мен-досе в горло. Затем с окровавленным оружием в руках он выскочил из капитанской каюты и без всякого сопротивления захватил власть на «Виктории». За выполнение этого рискованного поручения Эспиноса был назначен капитаном «Виктории».
Когда о происшедшем стало известно на других мятежных кораблях, их капитаны объявили тревогу и приказали привести в готовность оружие. Но видимо, они не были едины в своих действиях. В течение следующей ночи они не предприняли никаких решительных шагов. Магеллан воспользовался этим и блокировал своими тремя кораблями выход с якорной стоянки.
Кто знает, как развивались бы события дальше, не сорвись «Сан-Антонио» в ту ночь с якоря. Незаметно для вахты корабль медленно сносило к выходу из бухты. Магеллан решил сначала, что это какая-то уловка, и немедленно изготовил свой корабль к бою. Однако вскоре ситуация разъяснилась.
Когда «Сан-Антонио» оказался в непосредственной близости от адмиральского корабля, его без единого выстрела взяли на абордаж. Выполнить это оказалось нетрудно, поскольку экипаж «Сан-Антонио» и без того не находил особого удовольствия в подчинении «благородным» капитанам, руководившим мятежом.
Теперь и главарю зачинщиков Хуану де Картахене, командиру корабля «Консепсьон», не оставалось ничего другого, как капитулировать. Так хитрость и счастливые обстоятельства помогли Магеллану навести порядок в эскадре. Теперь необходимо было для устрашения остальных строго наказать виновных, иначе следующий мятеж не заставил бы себя ждать. Ведь экспедиции впереди предстояли еще большие испытания и лишения, чем до сих пор.