В конце концов Марии пришлось прибегнуть к тактике, не раз использованной ее отцом. Она начала говорить, что намеревается сократить состав Совета, оставив в нем лишь немногих, а затем, убедившись, что достаточно вывела советников из равновесия, стала вызывать их к себе по одному на беседу, угрожая «некоторым смертью, а иным потерей имущества и владений, если они не подчинятся воле ее супруга». И даже после этого советники еще долго сопротивлялись и сдались только тогда, когда пришло сообщение с севера, где некий Томас Стаффорд и сорок его последователей при активной поддержке французов пытались поднять восстание против «дьяволицы Марии, недостойной быть королевой Англии». 7 июня была опубликована декларация об объявлении войны.
Следующие четыре недели оказались последними счастливыми неделями, которые суждено было пережить Марии. Довольный ею, Филипп радостно предвкушал предстоящие сражения. Герцогиня Лотарингская отбыла, и внимание мужа теперь целиком было обращено на Марию, не считая, конечно, военных приготовлений, которые занимали у обоих монархов по многу часов в день. Филипп планировал развертывание своих десяти тысяч пеших воинов и десяти тысяч единиц кавалерии, а также размещение шестидесяти тяжелых пушек и полевой артиллерии. Мария писала приказы об укреплении границы с Шотландией, осуществляла надзор за снаряжением и оснащением флота и добывала Филиппу дополнительные деньги, продав за наличные тысячу акров принадлежащей ей земли. Она выручила восемьсот тысяч крон, причем па оплату имущества английских воинов пошла лишь часть из этой суммы. Дни летели быстро. Несколько часов в день они посвящали государственным делам, а остальное время дня — гончей или соколиной охоте. Длинными летними вечерами они еще работали до самой вечерни. Нам известно, насколько тщательно соблюдали Мария и Филипп католические ритуалы, особенно в канонические часы. Марию радовало, что эти несколько недель они совершали это вместе.
Филипп оставался в Англии, разумеется, не из-за Марии. Ои ждал возвращения Руя Гомеса из Испании с людьми и деньгами. 20 июня пришла весть, что испанский флот появился в Ла-Манше. Десять дней спустя Филипп был готов отправиться в путь. Мария проделала вместе с ним четырехдневное путешествие из Лондона к побережью и спала рядом с ним в покоях, подготовленных для них в Ситтингборне, графство Кентербери, и в Дувре. Наконец в три часа дня 6 июля они попрощались, и Филипп поднялся на борт корабля, который должен был доставить его в Кале. Больше Марии его не суждено было увидеть.