Едва были окончены эти распоряжения, как 150 турецких военных кораблей, под командованием природного венгерца, адмирала Пиали, с армией до 40.000 человек, показались на горизонте Мальты. Не ожидая прибытия Драгута, Мустафа-паша, командующий сухопутными войсками, решил сейчас же атаковать Сент-Эльмо, так как от владения этой крепостью зависело владение гаванью Мусцетто, представлявшей безопасную якорную стоянку флоту.
Так как Сент-Эльмо гораздо сильнее укреплено с моря, чем с суши, то нападение предполагалось с суши, и потому, несмотря на сильный артиллерийский огонь из крепости и невообразимые затруднения, были проложены в скалистой почве, под надзором искусных турецких инженеров, углубления в почве, которые, хотя и стоили жизни тысячам людей, но уже 24 мая 1565 г. давали возможность обстреливать вражеские укрепления из пушек разного рода, так что внешние стены и укрепления в короткое время были обращены в кучи мусора. Равелин крепости скоро был захвачен турками, которые неустанно, даже ночью, при помощи фашин и наполненных шерстью и землею мешков, возвышали эти захваченные передовые шанцы, пока не достигли возможности, под прикрытием помещенных здесь пушек, вопреки отчаянному сопротивлению гарнизона, построить мост к брустверу, на котором завязалась ужасная резня, стоившая жизни большему числу рыцарей, чем пало с начала обороны.
Июня 16 галеры с моря, а с суши 36 тяжелых орудий открыли страшную пальбу, которою и последние остатки укреплений были разрушены. Герои-защитники образовали из себя несокрушимый вал, так как рыцари распределились между солдатами и ободряли их своим примером к устойчивости. Ла Валетт велел изготовить множество деревянных кругов, которые макались в кипящее масло, затем обматывались шерстью или бумагой и насыщались, вместе с оберткой, составом, смешанным с селитрою и порохом. Эти кольца, зажженные и брошенные в ряды осаждающих, производили такое смятение и такой ужас даже в храбрейших, что они начинали колебаться и, наконец, со всех ног бежали к морю.
Поле боя было покрыто 2000 турок, тогда как гарнизон потерял 17 рыцарей и около 300 солдат.
После этого постыдного поражения Мустафа-паша решился вполне окружить Сент-Эльмо, гарнизон которого получал постоянно подкрепления из крепости Святого Ангела и столицы. Выполнив это, он 21 июня возобновил приступ. Но еще раз геройство гарнизона оспаривало у него победу: так он был три раза отбиваем, пока наступившая ночь не прекратила кровопролития и не дала защитникам крепости, лишенным всякой помощи извне и убежденным в своей близкой смерти, короткого отдыха.