По определению Морфеуса, видимый нам всем привычный мир существует в виде нейроинтерактивной модели, поддерживаемой машинно-компьютерной системой, именуемой “Матрица”, а планета Земля (по крайней мере последние двести лет) — безжизненная пустыня, над которой висит беспросветное небо без солнца и звёзд. Таков итог деятельности технократической цивилизации, завершившейся войной машин и людей, в которой машины, победив и взяв власть над человечеством, выращивают людей в качестве биоэнергетического сырья для поддержания своего функционирования.
Однако и в этих условиях существует “подполье”, именуемое “Сион”, которое ведет борьбу против всевластия машин над людьми. В фабрикуемом “Матрицей” виртуальном мире, действует ключевой персонаж, названный “Пифией”. Она, как сообщается в фильме, “знает всё”: и что было, и что будет. И потому к ней из реального мира, несанкционированно входя в нейроинтерактивную модель, генерируемую “Матрицей”, наведываются для консультаций главные герои фильма: Морфеус, Тринити и Нео. По сообщению Морфеуса, когда “Матрица” только создавалась, родился человек с редкой способностью изменять все вокруг, подстраивая “Матрицу” под себя. Именно он помог группе Морфеуса выбраться из среды “Матрицы” и приступить к деятельности в реальном мире. Этот человек давно умер, но по пророчеству Пифии он должен вернуться, и его приход приведет к крушению “Матрицы” и положит конец многовековой войне людей и машин.
Пока же он не пришел, команда Морфеуса ведет информационную войну за освобождение землян, осуществляя с борта специального корабля на воздушной подушке “Навухудоносор” хакерские вторжения в программную среду “Матрицы” в поисках грядущего спасителя человечества. Им противостоят так называемые “агенты” “Матрицы”, внешне неотличимые от людей, но обладающие способностями принимать любой облик и многократно превосходящие “нормальных” людей по их “физическим” и “паронормальным” возможностям и способностям.
Обе стороны охотятся за Андерсоном, преследуя свои цели: “агенты” хотят использовать Андерсона как хакера для взлома системы защиты информации центрального сервера компьютерной сети подпольщиков, именуемого “Сион”; Морфеус видит в Андерсоне нового спасителя человечества — Нео, способного освободить людей из плена грёз, навеваемых поработившей всех “Матрицей”. В этом аспекте сюжет фильма перекликается с Библейскими повествованиями, в соответствии с которыми (и по Ветхому, и по Новому Завету) спасение человечества должно прийти от Мессии — Божьего Посланника. Поскольку новозаветная история Мессии наиболее всего распространена в западном обществе, то в фильме присутствует и аналоги её основных персонажей: Нео — аналог Христа, Морфеус — аналог Иоанна Предтечи; есть в фильме и свой Иуда.