В свое время Елизавета Петровна дала обет не подписывать смертных приговоров, и в течение двадцати лет ее царствования в России не было публичных казней. Екатерина подобный обет не давала, и в 1764 г. был казнен В. Я. Мирович, попытавшийся возвести на престол Ивана Антоновича, в 1771 г. казнь ждала зачинщиков Чумного бунта в Москве и убийц архиепископа Амвросия, а в 1775 г. — Пугачева и его ближайших сподвижников. В застенке погибла так называемая княжна Тараканова — самозванка, выдававшая себя за дочь императрицы Елизаветы и А. Г. Разумовского[8]. В крепость были посажены масон Н. И. Новиков и лидер польских повстанцев Т. Костюшко, сослан писатель А. Н. Радищев. Но все это были истинные и опасные преступники или противники режима. Екатерина могла проявить и показное милосердие, и свойственный времени рационализм. Вот, например, некий татарский мулла объявил себя новым пророком и стал проповедовать новую религию. На него тут же донесли другие муллы, он был арестован со своими сообщниками, и Сенат предлагал сурово наказать его, но Екатерина распорядилась иначе: «Я лиха за ними не вижу, а много дурачества, которое он почерпал из разных фанатических сект разных пророков. Итак, он инако не виновен, как потому, что он родился с горячим воображением, за что наказания никто не достоин, ибо сам себя никто не сотворит».
Сохранив смертную казнь, Екатерина пыталась отменить пытку как узаконенный метод получения показаний. Впрочем, она немало писала об антигуманности пытки, но соответствующего указа так и не издала, возможно полагая, что эта норма должна войти в обширное уголовное законодательство, над которым она работала многие годы. В Тайной же экспедиции, возглавлявшейся С. И. Шешковским, кнут был наиболее активно используемым средством дознания[9].
Непомерное властолюбие, желание сохранить власть, чего бы это ни стоило, готовность ради этого на любые компромиссы и нежелание делиться с кем-либо хоть частью власти не могли не отразиться на взаимоотношениях Екатерины с сыном. Вполне естественные материнские чувства были притуплены у нее в самом начале, когда Елизавета Петровна разлучила ее с ребенком. Позднее, взойдя на трон, императрица старалась всегда держать сына при себе и в письмах к иностранным корреспондентам не раз писала о том, как он ее любит: «Во вторник я снова отправляюсь в город с моим сыном, который уже не хочет оставлять меня ни на шаг и которого я имею честь так хорошо забавлять, что он за столом иногда подменивает записки, чтобы сидеть со мною рядом; я думаю, что мало можно найти примеров такого согласия в расположении духа». По-видимому, она и сама гордилась сыном — живым, сообразительным мальчиком. Но по мере того, как Павел взрослел, он становился для нее соперником.