А вот другую рекомендацию Панина Екатерина приняла. В 1763 г. по его проекту была осуществлена сенатская реформа. Необходимость коренной реорганизации Сената, этого детища Петра Великого, назрела давно. Преемники царя-реформатора то низводили его до ничтожного состояния, то вновь подымали. В результате указы Сената на местах практически не исполнялись, дела рассматривались годами, а сами сенаторы давно перестали ощущать себя коллективным alter ego государя, какими хотел их видеть Петр. В ходе реформы 1763 г. правительствующий Сенат был разделен на шесть департаментов со строго определенными функциями каждого. Во главе департаментов были поставлены обер-прокуроры, подчинявшиеся генерал-прокурору. В ведение каждого департамента передавалась определенная сфера государственного управления и конкретные государственные учреждения. Сенат по-прежнему сочетал административную, контрольную и судебную функции, хотя номинально лишился функции законодательной. В результате реформы он стал работать оперативнее и квалифицированнее. На некоторое время проблема реформы центрального управления потеряла былую остроту. И лишь в последнее десятилетие своей жизни Екатерина вновь вернулась к идее реформы Сената, подготовила обширный проект, но реализовать его так и не успела.
Другая проблема, решение которой откладывать было невозможно, была связана с церковными имениями. 12 августа 1762 г. Екатерина своим указом ликвидировала созданную Петром III Коллегию экономии и вернула духовенству его вотчины и крестьян. Но проблема осталась. Во-первых, сам факт владения Церковью подобными богатствами не вписывался в екатерининскую концепцию идеального государства, не соответствовал ее взглядам на роль Церкви. Во-вторых, государство остро нуждалось в деньгах, и через секуляризацию церковных земель можно было быстро пополнить казну. Наконец, в-третьих, взаимоотношения между крестьянами и монастырскими властями обострились как никогда прежде, и государство вынуждено было вмешиваться, чтобы уладить конфликты. И это было использовано как очень удобный предлог. Государство как бы говорило Церкви: или справляйтесь с крестьянами сами, или отдайте их мне, а на то, чтобы всякий раз посылать для их усмирения воинские команды, у меня средств нет.
У Екатерины необходимость секуляризационной реформы, видимо, никогда сомнений не вызывала, она лишь собиралась провести ее постепенно, когда улягутся страсти вокруг поспешных преобразований ее мужа. Уже два месяца спустя после ликвидации Коллегии экономии она создает Комиссию о духовных имениях во главе с Г. Н. Тепловым — человеком деятельным, способным, преданным и довольно циничным. К концу года комиссия Теплова представила императрице «Мнение о монастырских деревнях». 12 мая 1763 г. Коллегия экономии была восстановлена, но не для того, чтобы конфисковать церковные владения, а формально лишь для того, чтобы их описать. Комиссия между тем работала над проектом реформы, который был готов в начале 1764 г. Екатерина приняла его благосклонно и 26 февраля подписала манифест, по которому все монастырские вотчины вновь оказались в ведении Коллегии экономии, то есть государства. А поскольку монахи теперь перешли на содержание государства, все епархии и монастыри в них были разделены на три класса, в соответствии с которыми устанавливалось и число монастырей в каждой епархии и число монахов в них. Лишние монастыри выводились «за штат». Находившиеся в них монахи должны были или перейти в другие монастыри, или оставались доживать свой век, кормясь подаянием. Общее число монастырей сократилось в три с лишним раза. Среди них были и такие, чьи постройки представляли собой историческую или культурную ценность и в результате запустения погибли. Но в XVIII в. о сохранении памятников архитектуры еще не задумывались.