Секуляризационная реформа имела и иные последствия. Государство поправило свои денежные дела, обложив около миллиона вышедших из крепостной зависимости крестьян полуторарублевым налогом. Но главное, реформа окончательно лишила Православную Церковь какого-либо политического значения, поставив ее в финансовую зависимость от государства. Таким образом был приобретен и еще один важный рычаг регламентации духовной жизни общества. Ограничивая жесткими рамками количество подданных, имеющих право посвятить себя Богу, государство тем самым определяло и место Церкви в социально-политической системе. Секуляризация церковных земель означала продолжение секуляризации общества в целом. Духовенство же окончательно превращалось в один из отрядов чиновничества. Именно в этом видела его роль и Екатерина, и впоследствии, занимаясь созданием в России полноценных сословий, она никогда не пыталась сделать таковым духовенство.
Избранная Екатериной тактика постепенных реформ принесла плоды: секуляризация, так дружно принятая в штыки при Петре III, теперь почти не вызвала в обществе протеста. Единственным, кто осмелился поднять против нее свой голос, был архиепископ ростовский Арсений Мациевич, утверждавший, что даже татарские завоеватели не обращались с Церковью так жестоко, как екатерининское правительство. Арестованный по приказу Синода, он был допрошен в присутствии императрицы, наговорил ей дерзостей, от которых она даже зажала уши, был лишен сана и сослан в дальний монастырь. Позднее, когда Арсений — талантливый проповедник — распропагандировал тамошних монахов, его и вовсе расстригли и под именем Андрея Враля отправили в Ревель.
Еще одним важным мероприятием первых лет царствования Екатерины II была отмена гетманства на Украине. В свое время еще Петр I, создавший губернскую систему управления, подчиненную сильной центральной власти, заложил основы устройства Российского государства как унитарного. Однако отдельные территории страны в силу различных причин сохраняли признаки автономии. Екатерина имела по этому поводу вполне однозначное мнение: «Малая Россия, Лифляндия и Финляндия — суть провинции, которые правятся конфирмованными им привилегиями: нарушить оные все вдруг весьма непристояно б было, однакож и называть их чужестранными, и обходиться с ними на таком же основании есть больше, нежели ошибка, а можно назвать с достоверностию глупостию. Сии провинции, также и Смоленскую, надлежит легчайшими способами привести к тому, чтоб они обрусели и перестали бы глядеть как волки к лесу… когда же в Малороссии гетмана не будет, то должно стараться, чтоб навек и имя гетманов исчезло».