В качестве одной из основных задач, поставленных Екатериной перед депутатами Уложенной комиссии, была выработка законов об отдельных сословиях. Собственно, без этих законов, четко и определенно обозначающих их права и привилегии, полноценные сословия и не могли существовать. Поэтому специальные главы «Наказа» были посвящены дворянству и «среднему роду людей». Последний составлял предмет особой заботы императрицы, ибо так называли третье сословие. «Я заведу у себя в империи всякого рода сословия, — сообщала Екатерина госпоже Жоффрен еще в июне 1765 г., — я вполне сознаю достоинства вашего строя». «Еще раз обещаю вам среднее сословие, — добавляет она в январе 1766 г., — но зато же и трудно будет устроить его».
К третьему сословию в «Наказе» Екатерина причисляет «всех тех, кои, не быв дворянином, ни хлебопашцем, упражняются в художествах, науках, в мореплавании, торговле и ремеслах», а также питомцев воспитательных домов, воспитанников разного рода училищ, детей чиновников и других разночинцев. Детализировать статус членов третьего сословия предстояло депутатам Уложенной комиссии. Трудность же его создания была связана с крепостным правом. Специально о нем в «Наказе» почти не говорится. Лишь статья 260 утверждает, что «не должно вдруг и чрез узаконение общее делать великаго числа освобожденных». В статье 254 говорится о необходимости ограничения рабства законами, а в статье 269 осуждаются помещики, переводящие свои деревни на денежный оброк, не заботясь о том, «каким способом их крестьяне достают им деньги». Эта мысль развивается затем в статье 277, где резко критикуется точка зрения, согласно которой, «чем в большем подданные живут убожестве, тем многочисленнее их семьи» и «чем большия на них наложены дани, тем больше приходят они в состояние платить оныя».
Но неужели Екатерина забыла о самой главкой проблеме тогдашней России? По-видимому, нет. Есть основания полагать, что «Наказ» дошел до нас не в том виде, как был первоначально написан Екатериной, а в отредактированном ее ближайшим окружением. «Заготовя манифест о созыве депутатов со всей империи, — вспоминала позднее императрица, — назначила я разных персон, вельми разно мыслящих, дабы выслушать заготовленной Наказ Комиссии Уложения. Тут при каждой статье родились прения. Я дала им волю чернить и вымарать все, что хотели. Они более половины того, что написано мною было, помарали, и остался Наказ Уложения, яко напечатан».
Сохранились и некоторые письменные возражения на первоначальный вариант «Наказа». Одни из них с пометами рукой императрицы принадлежат А. П. Сумарокову. Замечательный поэт и драматург, в частности, писал: «Сделать русских крепостных людей вольными нельзя, скудные люди ни повара, ни кучера, ни лакея иметь не будут и будут ласкать слуг своих, пропуская им многия бездельства, дабы не остаться без слуг и без повинующихся им крестьян: и будет ужасное несогласие между помещиками и крестьянами, ради усмирения которых потребны многие полки, и непрестанная будет междоусобная брань, и вместо того, что ныне помещики живут покойно в вотчинах („И бывают зарезаны отчасти от своих“, — добавила Екатерина), вотчины их превратятся в опаснейшие им жилища, ибо они будут зависеть от крестьян, а не крестьяне от них… Все дворяне, а может быть, и крестьяне сами такою вольностию довольны не будут, ибо с обеих сторон умалится усердие. А это примечательно, что помещики крестьян, а крестьяне помещиков очень любят, а наш низкий народ никаких благородных чувствий еще не имеет». «И иметь не может в нынешнем состоянии», — снова возразила императрица. Встретив сопротивление, Екатерина, как и подобало согласно избранной ею тактике, пошла на компромисс и убрала из «Наказа» прямое осуждение крепостничества, надеясь при этом, по-видимому, что этот вопрос может быть поставлен вновь перед Уложенной комиссией.