Несколько глав «Наказа» посвящены преступлению, следствию, суду и наказанию — проблемам, почти не разработанным в праве того времени. Законы, утверждалось в «Наказе», создаются не для устрашения, а для воспитания граждан. И наказание, каким бы суровым оно ни было, не должно быть направлено на то, чтобы мучить преступника, но должно вызывать у него стыд и раскаяние. Ибо наказание — это прежде всего бесчестие. Тем более наказание должно быть строго соразмерно преступлению, ибо иначе теряется сам его смысл. Суду должно предшествовать тщательное расследование, причем обвиняемый должен иметь право на защиту. В ходе следствия подозреваемый может быть арестован, но надо четко различать временное задержание от тюремного наказания, и, если вина подозреваемого не доказана, временное заключение ни в коем случае не должно ставиться ему в вину.
«Наказ» недвусмысленно формулирует презумпцию невиновности, также неизвестную русскому праву: «Человека не можно почитать виноватым прежде приговора судейскаго, и законы не могут его лишить защиты своей прежде, нежели доказано будет, что он нарушил оные». Обвиняемый имеет право отвода судьи, а сам суд должен быть гласным. Во время следствия недопустима пытка, а смертной казни заслуживают лишь преступники, угрожавшие самим основам существования государства, его спокойствию и благоденствию подданных. Отвращать от преступления должен не страх перед жестоким наказанием, а сознание неотвратимости кары. Для того же, чтобы предупредить преступления, надо сделать всех равными перед законом и воспитывать в народе отвращение к рабству.
Изложенные в «Наказе» истины были замечательны и бесспорны, но он был лишь своего рода декларацией о намерениях, и Екатерина подчеркивала, что запретила ссылаться на «Наказ» как на закон, и разрешила лишь основывать на нем те или иные рассуждения, мнения. Текст «Наказа» широко распространялся в России и за границей, а депутатам Уложенной комиссии предстояло выучить его едва ли не наизусть. Показательно, что во Франции при Людовике XV «Наказ» был запрещен, но его активно использовали критики короля и правительства. Лидер жирондистов Ж. П. Бриссо в своей «Философской библиотеке законодателя, политика, юриста» многократно ссылался на «Наказ», а затем и опубликовал его текст с собственными комментариями.
Передавая дело создания новых законов в руки подданных, Екатерина, однако, сочла, что один закон она должна написать сама. Это был закон о порядке престолонаследия, ведь в России того времени по-прежнему действовал указ Петра I 1722 г., согласно которому царь имел право сам назначать себе преемника. Такой порядок, видимо, противоречил монархическим взглядам императрицы, и примерно в 1767 г. она пишет проект манифеста, согласно которому российский трон должен передаваться по мужской линии от отца к сыну по достижении им 21-летнего возраста. Если же по смерти государя его наследник еще, как говорили в XVIII в., «не вошел в возраст», то на престол всходит его мать и правит страной до своей смерти. Опубликовать манифест Екатерина предполагала вместе с новым законодательством, которое он должен был венчать, и теперь все зависело от депутатов Уложенной комиссии.