Сменивший Набокова в ноябре 1885 г. А. Н. Манасеин менее стойко выдерживал давление реакционных сил. При нем в судебные уставы были внесены серьезные изменения. Принцип гласности ограничивался введением закрытого судопроизводства «там, где оно целесообразно» ( 1887 г.). Был повышен имущественный и образовательный ценз для присяжных, что было прямо направлено против демократизации их состава. Из ведомства суда присяжных изымалась значительная категория дел, в том числе и о сопротивлении властям ( 1889 г.).
Все эти «поправки» к судебной реформе были введены, по сути, волеизъявлением Александра III — в Государственном совете они большинства голосов не получили. Царь неизменно присоединялся к мнению меньшинства, возглавляемого К. П. Победоносцевым — ярым врагом судебной реформы. Среди этого меньшинства, как правило, оказывались великий князь Владимир Александрович, министр государственных имуществ М. Н. Островский, товарищ министра внутренних дел И. Н. Дурново, профессор И. А. Вышнеградский. Председатель Государственного совета великий князь Михаил Николаевич чаще занимал нейтральную позицию.
Незадолго до своей кончины в 1894 г. Александр III назначил на пост министра юстиции Н. В. Муравьева, который должен был наконец осуществить то, что не удалось его предшественникам. Муравьев по всем статьям подходил для проведения судебной контрреформы: сотрудник изданий Каткова, главный прокурор на политических процессах, он планировал полный пересмотр судебных уставов 1864 г. Но после смерти Александра III обстановка в стране быстро менялась, и план пришлось отложить. Новый суд, несмотря на серьезные удары, все же уцелел до 1917 г., когда был сметен революцией.
Вынужденный до поры терпеть действующие судебные установления, Александр III постоянно вмешивался в судопроизводство, предрешая или же изменяя приговоры по делам, которыми заинтересовался. Дела по политическим преступлениям император предпочитал отдавать военному суду, отличавшемуся быстротой следствия и тяжестью наказания. В мае 1885 г. Александр Александрович высочайше повелел записать в Военно-судебный устав, что в случае выяснения «уменьшающих вину обстоятельств» суд входит с ходатайством о смягчении наказания перед царем». Избегая беспокоить царя, военные суды стали обходиться без «смягчения».
В последней четверти XIX в. самодержавие явно было не способно сохранять равновесие под сенью собственных же законов — требовались чрезвычайные меры. Непрерывное продление принятого в 1881 г. как «временного» «Положения о мерах к охранению государственной безопасности и общественного спокойствия» — тому свидетельство. По натуре Александр Александрович не был ни злым, ни деспотичным, но в его политике можно отчетливо проследить это нарастание внесудебного произвола, неизбежного для власти, не ощущающей серьезной общественной поддержки. Политический режим при предпоследнем российском самодержце неуклонно приближался к тоталитарному, обнаруживая сходство с ним не столько в степени жестокости репрессивной политики, сколько в ряде ее исходных принципов. Нетерпимость к инакомыслию, к расхождениям с официальной идеологией, преследование личности не только за противоправные действия, а за сам образ мыслей — эти черты тоталитарного государства характерны и для монархии Александра III, государства по природе своей авторитарного.