Афганский кризис удалось ликвидировать с помощью Союза трех императоров (Германии, Австро-Венгрии и России), заключенного еще при Александре II (в 1881 г.).
Не менее напряженной была обстановка на Балканах, где слабело русское влияние и усиливалось австрийское. Отрешиться от всяких обязательств по отношению к России, воевавшей за освобождение Болгарии, пожелал ее правитель — князь Баттенбергский. Русский ставленник, родственник Александра III, князь Александр повел себя неожиданно для царя. Не согласовав с ним своих действий, даже не упредив о них, правитель Болгарии в 1885 г. присоединил к ней Восточную Румелию — автономную провинцию Турции. Эта акция, идущая вразрез с Берлинским трактатом и интересами Турции, грозила международным конфликтом. Александр III однако, отказался от военного вмешательства в болгарские дела, которого ожидала от него Европа. Он вычеркнул Александра Баттенбергского из списков офицеров русской армии и отозвал русских офицеров из армии болгарской. Император тайно содействовал государственному перевороту в Болгарии (в августе 1886 г.), для чего пригодилась мощная сеть заграничных агентов царской полиции.
Вскоре, однако, изгнанный из Болгарии князь Баттенбергский был вновь приглашен на болгарский престол. Он обратился к Александру III с просьбой о прощении и помощи, но ни того, ни другого не получил. В глазах царя он был предателем и, по словам Александра III, должен был сам расхлебывать кашу, которую заварил. Без поддержки царя князь Баттенбергский не решился принять власть и покинул Болгарию. Правительство Стамбулова, остававшееся в стране, ориентировалось на Австро-Венгрию, все более отдаляясь от России. Александр III пытался восстановить позиции России в Болгарии мирным дипломатическим путем. И хотя терпел неудачу за неудачей, иных способов достижения этой цели не планировал.
Отказавшись после некоторых колебаний вступить в Тройственный союз, в котором место России рядом с Австрией и Германией заняла Италия, Александр III склонялся все более к сближению с Францией.
Отношения России с Германией, на союз с которой первоначально ориентировался Н. К. Гире, осложнились благодаря жесткой таможенной политике самодержца, лишавшей, по сути, германскую промышленность ее важнейшего рынка сбыта. Бисмарк, в свою очередь, грозил России таможенной войной. Катков развернул против Гирса шумную кампанию в своих изданиях, требуя смещения «антинационального» министра иностранных дел.
После отставки Бисмарка в 1890 г. его преемник генерал Каприви отказался возобновить договор с Россией 1887 года, что подтолкнуло царя к союзу с Францией. Давняя антипатия Александра III к Германии выражалась все более откровенно и, как считали приближенные, не без влияния Марии Федоровны. Императрица на всю жизнь сохранила неприязнь к Германии, воевавшей с ее родной Данией и отторгнувшей в пользу Пруссии Шлезвиг и Голштинию.