Мотт рекомендовал Фукса на работу в лабораторию профессора Макса Борна в Эдинбурге. Тот выхлопотал у руководства университета стипендию для Клауса и в июле 1937 года пригласил его к себе. Учитывая важность работ, выполняемых молодым ученым, Борн добился для него стипендии фонда Карнеги. В Эдинбургском университете Фукс совместно с профессором написал ряд статей по результатам их исследований.
Германо-советский пакт о ненападении в августе 1939 года вызвал заметное ухудшение англо-советских отношений. Ввод советских войск в Западную Украину и Западную Белоруссию, война с Финляндией —все это вызвало подозрение у Лондона в отношении намерений Москвы.
Резкие расхождения в оценке пакта имелись и среди немецкой эмиграции в Великобритании. Наблюдались некоторые колебания по этому вопросу и у Фукса. Так, позднее он признал: «Советско-германский пакт было трудно понять, но я все же пришел к выводу, что СССР сделал это, чтобы выиграть время и лучше подготовиться к войне». Нападение фашистской Германии на СССР 22 июня 1941 г. окончательно рассеяло его сомнения, и он без каких-либо колебаний стал одобрять и поддерживать внешнюю политику Советского Союза.
Опасаясь вторжения гитлеровской армий в Великобританию, английское правительство изменило свое отношение к немецким эмигрантам-антифашистам. Повсюду в Англии немцы вызывались в специальные трибуналы, которые проводили их проверку. В ноябре 1939 года вызывался в такой суд в Эдинбурге и Фукс. В мае 1940 года его интернировали и заключили в лагерь на острове Мэн. Ученые Борн и Мотт ходатайствовали перед властями об освобождении Клауса, утверждая, что он является одним из двух-трех самых одаренных физиков молодого поколения и мог бы выполнять важную работу для обороны Великобритании. Но успеха это не имело.
Затем Фукс вместе с другими немецкими эмигрантами был направлен в Канаду. В лагере, созданном в районе города Квебек, условия для заключенных были тяжелыми. Они жили в старом паровозном депо. На семьсот двадцать человек там имелось пять кранов холодной воды. Благодаря настойчивым ходатайствам друзей-ученых и промышленника Ганна в конце декабря 1940 года Фукса все же освободили и направили обратно в Англию.
В 1939 году ученые многих стран, включая СССР, теоретически знали о возможности создания атомного заряда. Они понимали, что та страна, которая первой сконструирует такой заряд в виде транспортабельной бомбы, получит неоспоримые преимущества в начавшейся второй мировой войне. Англия, Германия, США, несколько позднее Советский Союз начали лихорадочную гонку в надежде на успех.