Однако через три года опрос, проведенный Институтом общественного мнения Л. Харриса, показал, что 72 процента американцев считают доклад неверным и полагают, что убийство Кеннеди стало частью широкого заговора. На уточняющий вопрос, кто конкретно стоял за покушением, два процента ответили: Линдон Джонсон.
В 1965—1966 годах в США и за границей многие открыто говорили, что Кеннеди убили правые «ультра», и ходили слухи о причастности к этому делу «очень больших людей».
Тогда же сильно возросла политическая активность в стране: приближались президентские выборы 1968 года. Ожидалось, что Роберт Кеннеди выдвинет свою кандидатуру. В этой обстановке стали раздаваться настойчивые голоса с требованием провести новое расследование обстоятельств убийства Джона Кеннеди. Требование поддержали влиятельные американские журналы и газеты. Однако против выступили президент Л. Джонсон и директор ФБР Э. Гувер. Они сделали заявления о том, что нет оснований сомневаться в выводах комиссии Уоррена и что требования о пересмотре «дела об убийстве Джона Кеннеди» — это результат политической игры Роберта Кеннеди, который готовится к борьбе за президентский пост.
Л. Джонсон и Э. Гувер имели основания опасаться пересмотра результатов официального расследования. Еще больше они страшились прихода Роберта Кеннеди в Белый дом, так как он неминуемо уволил бы директора ФБР и вскрыл бы, кто явился организатором убийства его брата.
Тем временем начался ряд местных расследований «преступления века». В 1966 году этим занялись: окружной прокурор Нового Орлеана Джим Гаррисон, калифорнийский инженер-электронщик Дэвид Лифтон и другие.
Требования о пересмотре обстоятельств покушения на Джона Кеннеди резко усилились после убийства в 1968 году Роберта Кеннеди и видного негритянского деятеля Мартина Лютера Кинга. В сентябре 1976 года палата представителей Конгресса США приняла решение о создании специальной комиссии по расследованию убийства президента Кеннеди.
В результате было установлено, что Руби, Освальд и его жена являлись агентами ФБР. Однако ФБР отказывалось предоставить комиссии имеющиеся на них материалы. Освальд и Руби были связаны с кадровыми сотрудниками и агентами ЦРУ. В южных штатах США — Флориде, Техасе, Луизиане — главное разведывательное ведомство Вашингтона поддерживало связь с мафией и террористами, которых оно планировало использовать для убийства Фиделя Кастро.
Вначале Джека Руби приговорили к смертной казни, однако в 1966 году приговор отменили и назначили новое судебное разбирательство за пределами штата Техас. Находясь в далласской окружной тюрьме с весны 1964 года, Руби стал просить, чтобы его перевели в другое место, и обещал, что в этом случае он расскажет всю правду. С такой же просьбой Руби обратился в конце мая к комиссии Уоррена.