24 января 1992 года Ельцин подписал указ об образовании на базе АФБ и МСБ нового министерства безопасности (МБ) РФ. Параллельно появилось министерство безопасности и внутренних дел, однако оно просуществовало недолго и вскоре было распущено. МБ в декабре 1993 года было, в свою очередь, переименовано в Федеральную службу контрразведки (ФСК), а 3 апреля 1995 года Ельцин подписал указ «Об образовании Федеральной службы безопасности в Российской Федерации». ФСК превратилась в ФСБ.
Эта череда многочисленных преобразований и переименований, инициированных самой спецслужбой, имела своей целью вывести из-под удара госбезопасность как структуру, сохранить не только организацию, пусть децентрализованную, но и кадры, архивы, агентуру. Огромную роль в спасении КГБ от разгрома сыграли Евгений Савостьянов (в Москве) и Сергей Степашин (в Ленинграде). И тот и другой пользовались репутацией демократов и были поставлены для того, чтобы реформировать и контролировать КГБ. На самом деле и первый и второй были сначала внедрены госбезопасностью в демократическое движение, а затем уже выдвинуты на руководящие должности в новой спецслужбе, чтобы не допустить разгрома КГБ демократами. И хотя многочисленные штатные и внештатные офицеры КГБ-МБ-ФСК-ФСБ с годами ушли в бизнес или политику, структура в целом была сохранена именно благодаря Савостьянову и Степашину. Более того, если раньше КГБ находился под политическим контролем партии, являвшимся для органов своеобразным тормозом, поскольку любая серьезная операция проводилась лишь с санкции Политбюро, то после 1991 года МБ-ФСК-ФСБ стали действовать на российской почве абсолютно самостоятельно и бесконтрольно. Контроль за действиями сотрудников ФСБ осуществлялся самим ФСБ. Всепроникающая агрессивная структура оказалась за пределами не только идеологического, но и правового поля.
После периода очевидной растерянности, вызванного событиями августа 1991 года и неверного предположения, что вместе с компартией остракизму будут подвергнуты сотрудники бывшего КГБ, спецслужба осознала выгодность для себя новой, свободной от партийного контроля эпохи. Используя многочисленные собственные кадры (гласный и негласный состав), бывший КГБ смог внедрить своих людей практически во все сферы жизнедеятельности огромного государства.
В верхних эшелонах, иногда незаметно для обывателя, почему-то оказались бывшие видные кагэбэшники страны: первоначально – секретные агенты, позже – бывшие и действующие офицеры. Так, с первых дней августовских событий 1991 года за спиной Ельцина в Москве стоял кагэбэшник Александр Васильевич Коржаков, бывший телохранитель председателя КГБ и генсека Ю. В. Андропова. Службу безопасности группы МИКОМ возглавлял полковник ГРУ в отставке Богомазов, а вице-президентом Финансово-промышленной группы был Н. Николаев, кагэбист с двадцатилетним стажем, когда-то работавший под Коржаковым.