По свидетельству участников штурма, в конференц-зале осколком гранаты был сражен врач полковник Кузнеченков. Однако все время находившийся рядом с ним Алексеев утверждает, что когда они вдвоем прятались в конференц-зале, то какой-то автоматчик, заскочив туда, дал на всякий случай очередь в темноту. Одна из пуль попала в Кузнеченкова. Он вскрикнул и сразу же умер…
Тем временем спецгруппа КГБ прорвалась к помещению, где находился Хафизулла Амин, и в ходе перестрелки он был убит офицером этой группы. Труп Амина завернули в ковер и вынесли.
Количество убитых афганцев так и не было установлено. Их вместе с двумя малолетними сыновьями Амина закопали в братской могиле неподалеку от дворца Тадж-Бек. Завернутый в ковер труп Х. Амина той же ночью был погребен там же, но отдельно от других. Никакого надгробия не поставили.
Оставшихся в живых членов семьи Амина новая афганская власть посадила в тюрьму Пули-Чархи, где они сменили семью Н.М. Тараки. Даже дочь Амина, которой во время боя перебило ноги, оказалась в камере с холодным бетонным полом. Но милосердие было чуждо людям, у которых по приказу Амина были уничтожены их родные и близкие. Теперь они мстили.
Бой во дворе продолжался недолго – всего 43 минуты. Когда все стихло, В.В. Колесник и Ю.И. Дроздов перенесли командный пункт во дворец.
В тот вечер потери спецназа (по данным Ю.И. Дроздова) составили четверо убитых и 17 раненых. Был убит общий руководитель спецгрупп КГБ полковник Г.И. Бояринов. В «мусульманском» батальоне погибли 5 человек, ранены 35, из которых 23 остались в строю.
Вполне вероятно, что в суматохе ночного боя кое-кто пострадал от своих. На следующее утро спецназовцы обезоружили остатки бригады охраны. Более 1400 человек сдались в плен. Однако и после поднятия белого флага с крыши здания раздались выстрелы, один русский офицер и два солдата погибли.
Израненных и уцелевших спецназовцев КГБ отправили в Москву буквально через пару дней после штурма. А 7 января 1980 года Кабул покинул и «мусульманский» батальон. Всех участников операции – живых и мертвых – наградили орденом Красной Звезды.
«В ту драматическую ночь в Кабуле произошел не просто очередной государственный переворот, – вспоминал позже офицер «мусульманского» батальона, – при котором власть из рук «халькистов» перешла в руки "парчамистов", поддержанных советской стороной, а было положено начало резкой активизации гражданской войны в Афганистане. Была открыта трагическая страница как в афганской истории, так и в истории Советского Союза. Солдаты и офицеры – участники декабрьских событий – искренне верили в справедливость своей миссии, в то, что они помогают афганскому народу избавиться от тирании Амина и, выполнив свой интернациональный долг, вернутся к себе домой. Они не были политологами и историками, учеными и социологами, которые должны были бы предсказать дальнейший ход событий и дать ему оценку. Они были солдатами, выполнившими приказ».