Великий магистр перенес свою резиденцию в Кенигсберг, заняв ставку маршала ордена. Это было осуществлено без труда, так как тот находился в польском плену. Но для того, чтобы замок мог служить местом пребывания Великого магистра и его двора, ему требовались дорогостоящие переделки. Кенигсберг, конечно, не мог сравниться с Мариенбургом, но он также был достаточно внушительной крепостью. Возможно, смену резиденции стоит рассматривать как символ утраты статуса и власти Великого магистра. Его кастеляны и протекторы завладели самыми важными землями и доходами, оставив ему доход, недостаточный для исполнения обязанностей, диктуемых его статусом. Реальная власть перешла в руки маршала Генриха Ройса фон Плауэна, который был избран Великим магистром в 1469 году. Плауэн смог продолжать реорганизацию ордена всего в течение года. После его смерти этот пост принял осторожный, но более склонный вести традиционную политику Генрих Реффле фон Рихтенберг, чьей надеждой было вернуть процветание орденским землям и положить конец запутанным внутренним конфликтам. Однако он не смог решить эти задачи с теми слабыми ресурсами, которые находились в его распоряжении: теперь и позднее эгоистичные интересы кастелянов и протекторов блокировали любые попытки реформ.
Тринадцатилетняя война принесла радикальные изменения в Пруссию. К 1466 году местные землевладельцы уже не жаловались на несправедливость ордена в таких делах, как налоги или обесценивание монеты. Эти недостатки в ретроспективе казались просто смешными. Знать и горожане завоевали всего одно значительное преимущество из тех, за которые боролись,– контроль над местными властями. Этим-то они и пользовались для того, чтобы угнетать гильдии и работников настолько, чтобы получить с тех доход, достаточный для выплат ими же установленных налогов и поборов. В Восточной Пруссии возник новый класс землевладельцев, состоящий из бывших наемников, которым оплатили их услуги владениями погибших на войне рыцарей или землями ордена. Эти наемники сменили многих местных рыцарей, и именно от них произошли многие юнкерские семейства Пруссии. Будущим Великим магистрам приходилось уже с осторожностью или выдвигать амбициозные проекты в поддержку Ливонии или деятельности императора на Балканах, или бросать вызов прусским землевладельцам, польскому королю или своим собственным подчиненным. Тевтонский орден впал в застой, рыцари не представляли, что предпринять, даже если фортуна им улыбнется.
Польша, напротив, добилась успехов, в частности вышла к морю, овладела землями, на которые претендовала с XIII века,– Кульмом, Помереллией, Данцигом – и даже простерла свои владения за них – к Штольпу и Померании. На какое-то время Казимир получил возможность заложить новое основание королевской власти, опираясь на города и мелкое дворянство. Такая политика позволила ему достичь военных и политических успехов в Пруссии. То, что он не распространил эту политику на горожан и дворян по всей Польше, было его ошибкой, имевшей далеко идущие последствия. Казимир вступил в Тринадцатилетнюю войну против воли магнатов и церкви (в 1454 году Олешницкий советовал ему принять уступки, на которые был готов пойти в тот момент Великий магистр, предвидя упорное сопротивление, которое он может оказать, укрепившись в своих замках). Добившись мира в Пруссии, король переключил свое внимание на династическую политику. Ради этой цели он пожертвовал внутренними реформами и своим временным преимуществом над теми, кто желал ограничить королевскую власть.