Энтузиазм крестоносцев по поводу мирного обращения язычников должен заставить задуматься тех, кто не может провести различие между средневековым сознанием и современными идеологиями расизма и национализма, или тех, кто предпочитает думать, что рыцари намеревались уничтожить население этих областей, чтобы заселить эти территории немецкими иммигрантами. Однако пока непохоже, что тевтонских рыцарей будут судить объективно, не изымая из исторического контекста большинство их высказываний и действий. Подобно большинству человеческих организаций, орден по-разному действовал в разные периоды времени. Если судить о тевтонских рыцарях по их худшим поступкам, а об их противниках – по лучшим, то рыцарей ордена можно счесть исчадиями зла. К сожалению, именно в этом ключе писали об ордене многие историки, особенно те, кто описывал Средневековье, используя критерии XX века. Положение крестоносцев пошатнулось в 1259 году, когда жители Самогитии предпочли сражаться за свои языческую веру и традиционные обычаи (что включало и нападения на христианские поселения). Они нанесли сокрушительные поражения прусским и ливонским войскам, вынудили Миндаугаса отречься от христианской веры и убедили соседние племена к северу и западу поднять восстание против немецкого правления. Вскоре литовские войска проникли в Ливонию, Пруссию, Волынь и Польшу. Победы язычников, казалось, подтверждали правоту языческой веры. Священная война была теперь воистину борьбой религий, а не только борьбой между правителями.
В это время орден мог полагаться практически только на свои силы. Он не получал подкреплений ни от немецких, ни от польских крестоносцев. Еще меньше помощи приходило от монархов и прелатов Богемии. Более того, Святая земля вновь стала центром внимания крестоносцев, и Тевтонский орден, подобно остальным орденам, отдавая ей основное внимание. Война в Пруссии превратилась в череду пограничных набегов, засад и нападений на крепости. К тому же приходилось патрулировать границы, чтобы предупредить нападения на одиночные христианские поселения, когда восточные пруссы и литовцы проникали через безлюдные леса и болота Галимбии. Немцы и поляки вместе старались закрыть этот прорыв, и постепенно в борьбу с общим врагом включались волынцы.
Враги языческие и православные
Пятнадцать лет Второго прусского восстания (1260-1275) были очень тяжелыми для ордена. Петер фон Дусбург напоминает о них читателю:
«Это было тяжелое время, когда было едва достаточно хлеба для того, чтобы поесть, и один, два или более раз они должны были скакать на битву и гнать врага прочь. И они поступали, как поступали иудеи, которые хотели отстроить святой город Иерусалим, которому угрожал враги, так что одна половина из них работала, а другая стояла, охраняя их от рассвета до сумерек. Одной рукой они работали, а в другой руке они держали меч».